卫生管理是特殊医学用途配方食品GMP的重要内容，从卫生管理制度、厂房及设施卫生管理、清洁和消毒、人员健康与卫生要求、虫害控制、废弃物处理、有毒有害物管理、污水管理和工作服管理九个方面进行了阐述和规范。

卫生管理制度方面，应符合GB 14881—2013《食品安全国家标准 食品生产通用卫生规范》的规定，如制定食品加工人员和食品生产卫生管理制度以及相应的考核标准，明确岗位职责，实行岗位责任制；根据食品的特点以及生产、贮存过程的卫生要求，建立对保证食品安全具有显著意义的关键控制环节的监控制度，良好实施并定期检查，定期纠偏；应制定对生产环境、食品加工人员、设备及设施的卫生监控制度，确立内部监控的范围、对象和频率，并定期记录、检查和整改；此外还应建立清洁消毒制度和清洁消毒用具管理制度。清洁消毒前后的设备和工具器具应分开放置并妥善保管，避免交叉污染。

应制定基础设施维护保养计划，并按规定对厂房设施保养。厂房内各项设施应保持清洁，出现问题及时维修或更新，厂房地面、屋顶、天花板及墙壁有破损时应及时修补，紧急情况（如暴雨等）要及时处理屋顶、地面，确保无积水。生产、包装、贮存等设备及工器具、裸露食品接触的表面、生产用管道等应定期清洁消毒。已清洗和消毒过的可移动设备和用具，注意要隔离存放，如长期存放，使用前应再次对设备和用具进行清洗和消毒。

应制定有效的计划和程序，对场所、设备和设施等进行清洁，以防止食品污染。对场所、设备、清洗剂、消毒剂、人员和产品防护都要有详细的规定，并对使用人员经培训，使其掌握清洗剂、消毒剂的性质，并按照使用说明规范操作。使用的清洗剂和消毒剂必须经卫生行政部门批准，还须规定统一的名称、使用量、清洗消毒的时间和频次。可根据产品和工艺特点选择清洁和消毒的方法。再有就是要制定有效的监督流程，确保关键流程（如人工清洁、就地清洗操作以及设备维护等）符合相关规定。

相关工具和设施要放置于指定位置，用完归位。用于不同清洁区内的清洁工具应有明确标识，不得混用。

特殊医学用途配方食品加工人员须建立健康管理制度，每年进行健康检查，不得患有有碍食品安全的疾病，上岗前接受卫生培训并记录存档等。没有取得卫生监督机构颁发的健康证明，一律不得从事食品生产工作。食品加工人员如患有痢疾、伤寒、甲型病毒性肝炎、戊型病毒性肝炎等消化道传染病，以及患有活动性肺结核、化脓性或者渗出型皮肤病等有碍食品安全的疾病，或有明显皮肤损伤未愈合的，应调到其他不影响食品安全的工作岗位。

对于食品加工人员而言，进入食品生产场所前应整理个人卫生，防止污染食品。要规范穿着洁净工作服，按照程序洗手消毒，不携带或存放与食品生产无关的个人用品，如饰物、手表等。还应注意不得化妆、喷洒香水等。本规范还特别强调进入清洁作业区时应进行二次更衣和手的清洁和消毒。按照清洁度风险的发生分为高、中、低清洁风险区域，建议从低、中清洁风险区域进入高清洁风险区域应该更衣换鞋及手部清洁。清洁作业区和准清洁作业区使用的工作服和工作鞋不能在指定区域以外的地方穿着。

对于来访者而言，一般不允许进入食品生产场所，特殊情况需要进入则要遵守上述对食品加工人员同样的要求。

卫生管理还须注意防虫害。苍蝇、蟑螂等昆虫及鸟类、啮齿动物等所携带和（或）传播的病原微生物对食品卫生安全是很大的潜在危害，因此有必要制定和执行虫害控制措施，并定期检查。生产车间及仓库应采取有效措施，如采用风幕、纱网、灭蝇灯、粘鼠胶、防鼠板、鼠笼等，防止鼠类、昆虫等进入。注意不能使用灭鼠药。制定灭鼠分布图，在所有的灭鼠位置标记特殊符号，并将摆放鼠夹或粘鼠板的位置在厂区及车间平面图上予以标示，以便及时有效地检查灭鼠效果和及时清除鼠体。厂区应定期进行除虫灭害工作，当发现有虫鼠害痕迹时，应追查来源，清除隐患。(www.daowen.com)

采用物理、化学或生物制剂进行处理时，注意不能影响食品安全和食品应有的品质，不应污染食品接触表面、设备、工器具及包装材料。例如在厂区可使用杀虫剂等，生产车间内宜采用物理除虫方式。杀虫剂选用国家卫生防疫部门认可的、允许在食品生产中使用的杀虫剂，严格制定和执行有毒、有害化学品处理的各项操作程序和标准要求。各项除虫灭害工作应有相应记录。

特殊医学用途配方食品企业要制定废弃物的存放和清除制度，有特殊要求的废弃物其处理方式应符合有关规定。废弃物应定期清除；易腐败的废弃物应尽快清除。生产场所内的废弃物应日清日毕，对厂区内的不可回收的废弃物应每日清除出厂，可回收的废弃物应清理干净后定点存放，定期处理，以防止不良气味或有毒、有害气体发生，防止虫害的滋生。

在适当地点设置废弃物临时存放设施，适当远离生产场所，不得位于生产场所的上风口，并且不污染水源，不得直接弃于地面，存放的容器应有特别标识。

应符合GB 14881—2013《食品安全国家标准 食品生产通用卫生规范》的规定：建立清洁剂、消毒剂等化学品的制度。除清洁消毒必需和工艺需要，不应在生产场所使用和存放可能污染食品的化学制剂；清洁剂、消毒剂、杀虫剂、润滑剂和燃料等物质应分别安全包装，明确标识，并应与原料、半成品、成品、包装材料等分隔放置。

污水排放须符合GB 8978—2002《污水综合排放标准》，该标准对污染物的分类管理、采样、监测及检测等方法都有详细规定。这就要求企业在排放污水前根据污水的性质应用适当方式处理，处理方式一般有物理处理法、化学处理法、生物处理法。一般来说，单一的一种方法处理污水都有一定的缺点，组合处理法对污水处理可以进一步提效节能。

进入作业区应穿着工作服，应根据食品的特点及生产工艺的要求配备专用工作服，如衣、裤、鞋靴、帽和发网等，必要时还可配备口罩、围裙、套袖、手套等。应制定工作服的清洗保洁制度，有专人负责定期清洗。必要时应及时更换，生产中应注意保持工作服干净完好。工作服的设计选材和制作应适应不同作业区的要求，降低交叉污染食品的风险。

药品GMP只单独列出了人员卫生这一章节，其他方面的要求贯穿于其他章节中，但说得比较笼统，不若前者详细。药品生产的卫生管理大致可分为人员卫生、环境卫生和工艺卫生。在人员的卫生管理要求方面，两份GMP是相似的。比如，对于食品或药品加工人员，均要求接受健康检查，建立健康档案（或健康管理制度），接受卫生培训；不得患有影响食品或药品安全的疾病。对于来访者，一般均不允许进入食品或药品的生产场所，特殊情况需进入的应当事先对个人卫生、更衣等事项进行指导。对于药品而言，80%的污染都来源于人员，所以对人员的健康及卫生管理尤为重要。企业应当建立各项相应的操作规程来规范卫生管理，如非洁净区和洁净区的环境卫生、个人卫生、工艺卫生管理规程、工作服管理规程、洁具管理规程、废弃物管理规程等。并对相应员工进行培训，养成良好的卫生自我约束行为习惯。

对于环境卫生，药品GMP规定：药品生产企业有整洁的生产环境、厂区的地面、路面及运输等不应对药品的生产造成污染；生产、行政、生活和辅助区的总体布局应合理，不得相互妨碍。环境卫生包括厂区环境卫生、厂房环境卫生和仓储区环境卫生等。这里虽然说得比较笼统，但也包括了厂房设施卫生、废弃物管理、施工等各方面都有相应的卫生要求和规定。在该GMP的“生产区”“仓储区”“质量控制区”“设备”等章节都提到了相应的卫生管理的要求，与特殊医学用途配方食品的卫生管理要求也是类似的。不论是食品还是药品，各项卫生管理措施的核心都是防止污染和交叉污染。