引汉济渭工程在建设与管理上面临诸多挑战。为了从建设开始就形成工程建设与管理的良性运行机制，在推进工程前期工作过程中，省引汉济渭就开始了多项专题研究。一是委托水利部发展研究中心北京德瑞华诚咨询有限公司开展了《引汉济渭工程水价调整、资金筹措、管理体制与运行机制研究》；二是委托北京中水京华水利水电工程科技咨询有限公司开展了《国内外跨流域调水工程经验与技术总结及其对引汉济渭工程的启示》专题研究；三是由省引汉济渭办主任洪小康和常务副主任蒋建军、副总工程师张克强等带队先后考察了辽宁大火房调水工程、四川锦屏水利水电工程、甘肃景泰调水工程现场，形成了专题调研报告。这些专项研究和调研报告对指导引汉济渭工程前期工作发挥了重要的技术支撑作用。根据上述研究与调研成果，省引汉济渭办形成了《引汉济渭工程管理体制与运行机制建设实施方案》。

管理体制与运行机制建设的总体目标是：总结全国同类调水工程建设与运行管理经验，引汉济渭调水工程将以“水资源合理开发、优化配置、高效利用和保障经济社会可持续发展”为目标，以水资源统一管理为前提，按照社会主义市场经济的基本要求，实行政府宏观调控、准市场运作和用水户参与的管理体制。在此基础上，建立“政府主导、建管一体、准市场运作与现代企业制度管理”为核心的建设与运行管理机构。

管理体制与运行机制建设的基本原则：一是政府主导，省政府作为投资主体，对项目建设、运营涉及的相关利益主体进行协调管理。二是建管一体，项目建议书阶段，省政府已成立了引汉济渭调水工程协调领导小组，并由其下设的办公室代表政府负责工程建设管理。三是准市场运作，在政府主导的基础上，按照补偿成本、合理收益、优质优价、公平负担并兼顾用户承受能力的原则制定水价。四是各利益相关者参与，形成“利益共享、风险共担”的机制，调动各方积极性，以达到协调有效和整体最优的目标。

管理体制与运行机制建设的总体构架是：引汉济渭调水工程由黄金峡水利枢纽、秦岭隧洞、三河口水利枢纽三大工程组成，然后通过受水区配水管网向用水户供水。因此，引汉济渭调水工程建设管理体制与运行机制建设的总体构架：一是进一步充实协调领导小组，加强对工程建设的组织领导，协调各方关系，加快工程建设。二是加强领导小组办公室自身建设，按照老人老政策，新人新政策的原则，落实调入人员编制和工资待遇。三是按照建管一体的原则，在项目建议书获得国家批复以后组建引汉济渭工程建设管理局和引汉济渭供水总公司，与现有引汉济渭工程协调领导小组办公室，实行三块牌子一套人马的管理体制。同时组建引汉济渭工程供水总公司董事会和监事会。四是根据工程建设进程，适时建设包括黄金峡枢纽、黄三隧洞、三河口水利枢纽、秦岭隧洞、出口段管理和输配水工程管理机构。(www.daowen.com)

引汉济渭工程建设与管理体制建设的实施方案：一是建立完善权威高效的协调领导机构。二是组建引汉济渭工程建设管理局，在“陕西省引汉济渭调水工程协调领导小组”下设办公室的基础上，在项目建议书批复后按照省编办〔2009〕22号文件精神，组建具有行政管理职能的“陕西省引汉济渭调水工程建设管理局”，工程建成运行以后，更名为“陕西省引汉济渭调水工程管理局”。这两个机构分别在建设与运行过程中，履行项目法人职责，具体负责引汉济渭工程的建设与运行管理。三是按照准市场运作的要求建立法人治理结构。按照与引汉济渭办、管理局一套人马、三块牌子、合署办公的模式组建引汉济渭供水总公司，按照公司运作机制开展经营活动。按照现代企业制度和引汉济渭工程实际，董事会成员由省政府代表、调水区和受水区地方政府代表、企业投资者、用水户代表以及具有一定资格的相关人士构成，同时组建监事会。

引汉济渭工程管理体制与运行机制建设的保证措施：一是明确工程的公益性质，制定合理的筹融资政策。二是制定科学合理的水价政策，实现调水效益最大化。三是强化统一管理，促进全省水资源优化配置。四是加强法规体系建设，建立良性运行的法制保障。五是加强水行政管理工作，为工程建设与运行搞好服务。六是严格加强纪检监察工作，确保工程建设的清正廉洁。