体制改革方案落实后，红山水库管理局的管理体制由以下主要内容组成：

单位性质：管理局为内蒙古自治区水利厅直属处级准公益性事业单位。

管理职能：负责红山水库工程的运行管理和维修养护，科学调度，确保西辽河防洪安全；负责库区水土保持，承担库区水土流失治理、生态环境建设；负责水库管理范围内国有资产的保值、增值，充分利用水土资源，开展多种经营。

人员编制和机构设置：核定事业编制238名。机构设置为：办公室、劳动人事科、计划财务科、工会、老干部管理科、工程管理科、水情调度科、水政监察科、水土保持工作站、工程保卫科、农业灌溉管理站、机关服务站，共12个。所属企业为：水电站、工程维修养护队和多种经营公司3个。

以上体制改革方案报请内蒙古自治区编制委员会审批。

2008年，内蒙古自治区编制委员会以内机编发〔2008〕72号文件形式，对红山水库管理局体制改革方案给予了批复，主要内容如下：(www.daowen.com)

红山水库管理局的主要职能是：以防洪为主，保障西辽河流域工农业经济和人民生命财产安全；管理维护保卫水库工程设施，科学调度，确保工程安全运行；为水库下游及周边提供农业用水；负责工程管理范围内防风和水土保持生态建设。据其所承担的职能，将该局定为准公益性水管单位。

红山水库管理局机构规格为内蒙古自治区水利厅所属相当处级事业单位。

核定红山水库管理局内设机构12个：办公室、计划财务科、劳动人事科、老干部管理科、工会、工程管理科、水情调度科、水政监察科、水土保持科、工程保卫科、农业灌溉管理科、后勤科。

核定事业编制220人。其中专业技术编制121名，行政工勤人员99名。核定处级领导职数5名（2正3副），科级领导职数24名（12正12副）。

经费来源：经费实行差额补贴。同时，内蒙古自治区财政部门用水利建设基金批复红山水库管理局工程维修养护经费每年613万元。