2002年，根据国务院《水利工程管理体制改革实施意见》（国办发〔2002〕45号）和内蒙古自治区人民政府印发《内蒙古自治区水利工程管理体制改革实施方案》（内政发〔2004〕270号）文件要求，红山水库管理局进行体制改革工作。体制改革的主要内容是：落实事企分开、工程管养分离。

依据国家水利部、财政部《水利工程管理单位定岗标准（试点）》和《水利工程管理单位定额标准（试点）》（水办〔2004〕307号）规定，对全局公益性事业部分重新定岗定员，测算工程维修养护费，核定公共财政补贴额度。

将生产经营单位从事业编制中分离出来，转为管理局下属企业。工程维修养护人员从工程管理人员中分离出来，组建工程维修养护队，承担红山水库工程维修养护工作。(www.daowen.com)

在《红山水库管理局体制改革方案》中，人员编制核定事业编制268名。机构设置事业编制下属单位为：办公室、劳动人事科、计划财务科、工会、老干部管理科、工程管理科、水情调度科、水政监察科、水土保持工作站、工程保卫科、农业灌溉管理站。机关服务站共12个。所属企业3个：水电站、工程维修养护队和多种经营公司。方案报自内蒙古治区编制委员会审批。

在此次的体制改革的方案中，原编制中的红山水库管理局子弟学校、渔场两个单位被撤销。团组织机构由于团员逐年超龄离团，青年职工队伍不断缩小直至无适龄青年加入团组织，2004年团委组织机构被撤销。