1986年至2008年，全局设有行政办公室、计划财务科、人事科、保卫科、工程管理科、水文实验站、电站、水土保持站、渔场、综合经营公司、子弟学校等11个二级管理和生产单位，党群系统设党委办公室、纪委、工会、团委四个单位。全局职工总数304人，其中，干部109人，工程技术人员47人，工人195人。2008年，内蒙古自治区编制委员会以内机编发〔2008〕72号文件，对红山水库管理局机构编制批复核定内设机构12个：办公室、计划财务科、劳动人事科、老干部管理科、工会、工程管理科、水情调度科、水政监察科、水土保持科、工程保卫科、农业灌溉管理科、后勤科。核定事业编制220人，其中专业技术编制121名，行政工勤人员99名。核定处级领导职数5名（2正3副），科级领导职数24名（12正12副）。

一、办公室

办公室是党、政职能办事机构，负责全局的党务、纪检监察、政务和事务工作。

二、计划财务科

负责全局经费收支、计划安排和资金筹集、调整、使用、管理、监督、成本核算的职能机构，负责全局财务管理和物资采购、供应管理、内部审计监督工作，负责指导独立核算二级单位财务工作。

三、劳动人事科

负责全局人事管理、劳动工资管理、人事档案管理，以及职工教育、全员考核、安全生产、丧葬事务处理工作。

四、老干部管理科

负责全局离退休人员管理、服务，同时兼管驻赤峰市区办事处、物业站工作。

五、工会

依据《工会法》、《劳动法》以及其他法律法规赋予的职权，维护职工民主权利和合法权益，组织职工参与本单位的民主决策、民主管理和民主监督。

六、工程管理科

主要的职能部门，负责红山水库工程管护，对工程建筑物（包括主坝、副坝、溢洪道、泄洪洞及工程区附属建筑物）的日常管理、检查、观测等工作，保证水库工程运行安全。(www.daowen.com)

七、水情调度科

主要业务职能部门，负责水库防汛调度运用、抗旱灌溉供水、水费计收、水价测算等工作。

八、水政监察科

负责红山水库区域内的水事、土地管理，依法对辖区内的水事活动进行监督检查，负责全局的安全生产工作。

九、水土保持科（水保站）

主要职责是：负责本局辖区的水土保持、固沙造林等环境建设和护林防火工作，利用土地资源发展以林、果为主的种植经济，兼顾生态效益和经济效益。负责土地地界管理。

十、工程保卫科

负责红山水库地区的社会治安及内部治安保卫工作。

十一、农业灌溉管理科（多种经营站）

利用水土资源和技术设备条件，开展综合经营生产管理。

十二、后勤科（机关服务站）

负责全局供水供暖、广播电视收转、局址房产管理、宿舍楼物业及卫生所管理工作。