青海祁连山自然保护区位于青藏高原东北部，地理位置界于北纬37°10′～39°18′，东经96°20′～102°38′。由于受其地理位置、地貌特征、气候特点、海拔梯度以及土壤类型等综合影响，形成了复杂多样的生境类型，使其拥有复杂的植被类型。根据实地调查结果，青海祁连山自然保护区自然植被划分为森林、灌丛、草原、草甸等类型。自然植被类型简述如下：

（1）森林

此区森林分布特征明显，主要沿河流两侧山地呈片状或零星状分布，并具有明显的坡向性，常见于沟谷坡面的特定位置，随着海拔升高，片状森林趋于缩小，并呈明显的疏林化现象。森林代表树种有青海云杉、祁连圆柏、油松、山杨、白桦、红桦、糙皮桦等。根据建群种的差异划分为寒温性常绿针叶林和温性落叶阔叶林，主要特征如下：

寒温性常绿针叶林是此区最主要的森林类型。主要分布于大通河中下游、黑河中上游等河流两侧的山地，海拔一般为2400～3400m。集中分布于大通河流域的朱固、仙米克图等地的山地以及黑河中上游的八宝、扎麻什野牛沟等地。以青海云杉、油松等为建群种构成的森林主要分布山地阴坡或半阴坡，以祁连圆柏为建群种的树种多占据山地阳坡或半阴坡，常以疏林形式存在。林下灌木常见有蔷薇、忍冬、小檗、柳、金露梅、银露梅等，草本植物常见有珠芽蓼、早熟禾、羊茅等。

温性落叶阔叶林主要分布于大通河流域的两侧山地阴坡、半阴坡、坡麓及部分支流的沟谷地带，海拔2400～3800m，主要建群种有山杨、白桦、红桦、糙皮桦等。该植被类型为原始针叶林破坏后形成的具有次生性质的森林植被类型。灌木种类有柳、忍冬、沙棘、金露梅等，草本层有苔草、东方草莓、双花堇菜、小米草等。

（2）灌丛

此区灌丛多集中分布于山地、山麓及河谷滩地，是此区较为广泛分布的植物类型。主要包括温性灌丛（分布于森林线附近）和高寒灌丛（发育于森林线以上）

温性灌丛是以蔷薇、沙棘、忍冬、栒子、锦鸡儿、小檗、柳等为优势种或常见灌木组成的灌丛植被，主要分布于此区的东部及东北部山地河谷及坡麓地区，常见于森林带附近的林缘、林间空地及局部山地坡麓，或见于河流宽谷滩地上，海拔一般在2300～3500m，斑块状或条带状。

高寒灌丛广泛分布在有森林线以上的高山区域，海拔为3100～4000m的山地阴坡、半阴坡或沟谷滩地。优势种有头花杜鹃、百里香杜鹃、金露梅、高山绣线菊、窄叶鲜卑花等。随着海拔升高，灌木植物趋于矮化，常斑块状镶嵌于高寒草甸之中，形成灌丛草甸。草本层常见植物有线叶蒿草、垂穗鹅观草、珠芽蓼、柔软紫菀等。

（3）草原

此区草原分布于西部的山地阳坡、山间谷地、河谷滩地等，在东部的砾质滩地也有分布。主要包括高寒草原和温性草原两类。(www.daowen.com)

温性草原以针茅、赖草、芨芨草、蒿属等为优势种构成的温性草原主要分布于此区东北部的干旱谷地及山前地带，本类型分布面积较小，海拔为2300～3200m，常见的伴生种有青海苔草、黄芪等。

高寒草原以紫花针茅、青藏苔草等为优势种构成的高寒草原主要分布于此区的西北部，海拔3500～4200m，集中分布于疏勒河和托勒河的山地阳坡、山间谷地和砾质滩地。紫花针茅还可与羊茅、高山蒿草等植物构成草甸化草原，分布于相对潮湿的滩地及山地半阴坡。常见的伴生植物有黄芪、棘豆、青海苔草、羊茅等。

（4）草甸

草甸是以多年生中生、湿中生草本植物为优势所形成的植物群落，主要分布于河谷阶地、浑圆山地、山间坡麓等。此区草甸主要包括高寒草甸和高寒沼泽草甸两类。

高寒草甸广泛分布于海拔2500～4500m的滩地和山地，优势种以蒿草属植物和苔草属植物为主，主要有高山蒿草、矮蒿草、线叶蒿草、多种苔草、珠芽蓼、圆穗蓼等。在此区低海拔滩地还出现以禾本科植物为优势的草甸类型，优势种有垂穗披碱草等。伴生植物有早熟禾、柔软紫菀、垂穗鹅观草、棘豆、蓝白龙胆等。

高寒沼泽草甸广泛分布于海拔3000～4800m的河岸阶地、湖群洼地、河源积水潭及高山冰积洼地等湿地生境。主要集中分布于大通河、疏勒河以及托勒河的河源区。主要优势种有西藏蒿草、粗喙苔草、华扁穗草等，伴生种主要有云生毛茛、金莲花、灯芯草、棘豆等。

（5）水生植被

广泛分布于此区的湖泊浅水区、河流缓流区或弱流区的溪流以及湖塘洼地等水生环境。主要优势种有眼子菜、水毛茛、狐尾藻等，群落常形成单优群落，有时浅水区也可见水麦冬、三裂叶毛茛等挺水植物。

此区珍稀保护植物有红花绿绒蒿、羽裂点地梅、雪莲、冬虫夏草、绶草5种。