（1）胡杨林植物群落

保护区内主要的植被类型都是以胡杨和红柳为主形成的森林林分，其中胡杨为主的植被面积为8165 hm2，约占额济纳绿洲胡杨林的26.7%。

（2）珍稀濒危动植物物种

在额济纳胡杨林国家级自然保护区中有大量国家级重点保护的野生动植物。其中国家一级保护野生动物6种：蒙古野驴、野马、野骆驼、胡兀鹫、雪豹、波斑鸨；国家二级保护野生动物33种，主要为猞猁、鹅喉羚、白琵鹭、疣鼻天鹅、白额鸭、苍鹰等。国家重点保护植物有6种：胡杨、梭梭、肉苁蓉、沙冬青、裸果木和瓣鳞花。

保护区位于沙漠与戈壁之间，右上为茫茫戈壁，左下为巴丹吉林沙漠，属典型的绿洲森林生态系统，生态环境十分脆弱。

（3）保护区功能区划(www.daowen.com)

按照区划原则，结合保护区具体情况，额济纳国家级自然保护区划分为核心区、缓冲区和实验区。

核心区北起永红，南至巴彦农场五队，西起纳林河支流，东至呼荣博日格，面积8774hm2，占保护区总面积的33.4%。核心区是胡杨林生态系统保存最好的区域，目前保持着原生性生态系统的基本面貌，是额济纳绿洲自然景观的精华所在，区内没有居民点，受人为影响少。

缓冲区位于核心区周围，面积10018hm2，占保护区总面积的38.2%。这里人类活动少，胡杨林生态系统的原生状态保存好。

实验区北起乌素荣贵，南至昂茨河分水闸，西起达来呼布镇，东至巴彦陶来，面积8165hm2，占保护区总面积的26.7%。