（1）核心区

保护区的核心区包括黑河干流较宽地段以及滩涂、湖泊、沼泽等湿地生态系统。该区域人为干扰小，生物多样性十分丰富，集中体现了黑河湿地生态系统的自然性、代表性和典型性，是保护区的精华所在，应实施全封闭的保护。

核心区总面积13640.01hm2，占保护区总面积的33.14%。

（2）缓冲区

缓冲区为部分黑河干流以及沿河床分布的滩涂灌丛湿地、沼泽湿地、季节性河流湿地等。分布在核心区外围，是连接核心区和实验区的过渡地带。缓冲区的功能是：一方面防止和减少人类、灾害性因子等外界干扰因素对核心区的破坏；另一方面在导致生态系统逆行演替的前提下，可适当进行试验性的科学研究工作。缓冲区实行的也是严格的保护管理措施，禁止一切生产或经营性的开发利用活动。(www.daowen.com)

缓冲区总面积12531.21hm2，占保护区总面积的30.44%。

（3）实验区

实验区主要为黑河干流狭窄地段及河床外围河流一级阶地的天然林草地及人工林地等。实验区受到人类干预程度较大，生物多样性相对较低。其主要功能是在保护区的统一管理下，进行科学实验和监测活动，恢复已退化的湿地生态系统。在维持生态平衡和环境容量允许的前提下，可适度开展生态旅游和生产经营性活动。

实验区总面积14993.34hm2，占保护区总面积的36.42%。