根据保护区性质、保护对象、功能区划及法律规定，按照功能区划分，进行分区管理与建设。

（1）核心区

核心区是祁连山北坡冰川、雪山、高山湖泊、高山草甸、高山灌丛草甸、原始森林等典型生态系统和野生动物的主要分布区，也是山区径流主要形成区域和保护区内最具有保护价值的区域。这一区域主要生态问题是冰川退缩、雪线上升、冻土消融及部分区域因干旱引起的高山草甸、高山灌丛草甸退化，涵养水源能力减弱。应实行严格的保护措施，除必要的定位观测、科学考察等活动外，禁止一切形式的人为活动。保护区必要的定位观测、科学考察等活动，要按照有关规定经有关部门审批后方可进行。

（2）缓冲区

缓冲区也是祁连山北坡典型生态系统和野生动物的集中分布区，是山区径流重要形成区域，具有较高的保护价值。主要生态问题为较多的人为干扰，有害生物为害较重，森林火灾威胁较高，除了生态环境定位观测和必要的科学考察等活动外，缓冲区也尽量不能有其他人为活动或安排保护设施。如确有必要安排少量的保护设施或需要在缓冲区内巡护时，要经过自然保护区上级主管部门的审批。在缓冲区外围人为活动频繁的区域，应拉设围栏，实行封山禁牧，保护和恢复湿地和林草资源，提高涵养水源能力。(www.daowen.com)

（3）实验区

实验区是祁连山北坡森林、山地草原、河流、沼泽和野生动物的主要分布区。主要生态问题是人为干扰严重，林缘森林退化，有害生物危害严重，森林火灾威胁较高；草原超载放牧严重，土地荒漠化加剧，水土流失严重，旱洪灾害频繁。这一区域的主要任务是恢复自然生态系统，加强林草资源和野生动植物保护，开展森林恢复与荒漠化治理、退耕还林、湿地保护、草原退牧还草工程，保持和恢复森林草原生态系统的健康和稳定，保护生物多样性，提高降水调蓄功能。同时，允许开展水电开发、生态旅游等不影响水源涵养功能的经济建设。在视野良好的制高点新建必要的护林防火瞭望塔。积极开展生态环境监测和科学研究，为祁连山生态环境综合治理提供强有力的科技支撑和科学的决策依据。

（4）外围保护地带

外围保护地带是祁连山北坡林区中农田、牧地、矿山等资源富集区及人口集聚的村镇主要分布区。主要生态问题是人为生产活动频繁，因陡坡开垦种地和草原超载放牧导致水土流失严重，土地荒漠化加剧，旱洪灾害频繁。局部区域因开矿造成山体滑坡、植被破坏，水源污染。这一区域的主要任务是大力开展退牧还草、退耕还林、封山育林及荒山草林，加强土地荒漠化治理，减少水土流失，减轻山洪灾害危害。同时，合理利用草原、矿产、水能、旅游等资源，促进地方经济发展。