甘肃祁连山国家级保护区功能区划的范围265.3×104hm2，其中核心区、缓冲区和实验区面积198.7×104hm2，外围保护地带66.6×104hm2。

（1）核心区

海拔2900～3000m以上人迹罕至，野生动物分布密集，分布有冰川、雪山、高寒草甸、高寒灌丛草甸、原始森林、高寒湿地等水源涵养功能突出的典型生态系统以及国家保护的野生动植物集中分布地带划分为核心区。核心区面积50.4×104hm2，占保护区总面积的25.4%。

（2）缓冲区

核心区外围南部以祁连山主脉为屏障，不再划分缓冲区和实验区，将核心区北部外围海拔2800～3000m，人为活动稀少，主要分布为高寒草甸、高寒灌丛草甸、原始森林、高寒湿地的区域划为缓冲区。缓冲区面积38.7×104hm2，占保护区总面积的19.5%。

（3）实验区

海拔2800m以下的地带森林集中分布带及森林分布密集区内的道路、保护区、风景名胜区等区域划为实验区，作为核心区之间的生物通道，并保持保护区的连贯和完整性。实验区是社区居民生产生活的重要区域，也是保护区最重要的经营管理活动区域。实验区面积109.6×104hm2，占保护区总面积的55.1%。

（4）外围保护地带(www.daowen.com)

实验区外的原管辖地带，因分布有较多的村镇、农田、牧场、矿山、水能等资源，同时又分布有不少林地、湿地、草地等，也是祁连山重要的水源地和生态系统的重要组成部分，对保护祁连山典型生态系统和水源地具有重要作用，划为外围保护地带，在加强保护的前提下，合理开发利用自然资源，促进社区生态和经济的协调发展。外围保护地带主要为：人口集聚的村镇，耕地集中分布区，林缘连片的牧草地，国家和省级公路、铁路沿线区域和历史遗留的矿区，总面积66.6×104hm2，占保护区总面积的25.1%。

依据地形地貌、生态功能、重点保护对象分布、人为活动、交通道路及资源利用情况，区划核心区缓冲区10块，涉及黑河流域的共5个区，各区位置及主要保护对象如下：

I区（野马大泉核心区）：位于保护区最西段肃南县境内拖来山至陶勒南山之间区域，海拔高度在3000m以上，人为活动稀少。将贺大素南山至陶勒南山之间区域划为核心区，主要保护对象为藏野驴、野牦牛、雪豹、甘肃马鹿、棕熊等国家保护野生动物及冰川。贺大素南山至拖来山之间区域区划为缓冲区，拖来山北坡区划为实验区。

II区（素珠链核心区）：位于保护区西段肃南县境内，北大河以东、马氏河以西、光滑岭以南的区域。素珠链峰为保护区的最高峰，海拔5564m，是祁连山北坡冰川分布最集中分布区域。将海拔3200m以上区域划分为核心区，主要保护对象为冰川、雪山、高寒草甸、高山灌丛等水源地。外围2900～3200m高山灌木林区划为缓冲区，海拔2600～2900m森林集中分布带区划为实验区。

Ⅲ区（长干河核心区）：位于保护区西段肃南县、甘州区境内，西至肃-宁公路（肃南县至西宁）、东至黑河干流，南靠走廊南山，北临梨园河。是青海云杉林分布较为集中的区域。将大、小长干河流域和海牙沟上游青海云杉林区划为核心区，主要保护对象为青海云杉原始森林生态系统及甘肃马鹿、岩羊、雪豹等国家保护野生动物。外围2900m以上森林分布带区划为缓冲区，其余靠走廊的林区区划为实验区。

IV区（野牛山核心区）：位于保护区中段肃南县和民乐县境内，西至黑河干流，东至宁张公路，南靠祁连山主脉，北至森林分布下线。分布大面积的灌木林、高寒草甸和青海云杉林，是民乐县的水源区。将海拔3000m以上区划为核心区，主要对象为雪山、高寒草甸、高山灌丛等水源地及雪豹、甘肃马鹿、岩羊等国家保护野生动物。外围海拔2800～3000m林带区划为缓冲区，其余靠走廊绿洲林区划为实验区。

V区（冷龙岭核心区）：位于保护区中段肃南、山丹、永昌县境内，西至宁张公路，东至西营河及上游宁禅河，南靠冷龙岭，北至森林分布下线。分布大面积的灌木林、高寒草甸和少量青海云杉林，是山丹县、永昌县、武威市和中牧山丹马场的水源区。将海拔2900m以上区划为核心区，主要保护对象为高山灌丛、高寒草甸、高寒沼泽等水源地及棕熊、雪豹、青海马鹿等国家保护野生动物。植被带外围海拔2800～2900m的林区划为缓冲区，海拔2800m以下林带划为实验区。