塔里木河流域地处南疆，气候干旱、降雨稀少、蒸发强烈，生态环境极其脆弱，人与自然争水矛盾尖锐。从20世纪70年代开始，塔里木河流域在以水土资源开发利用为核心的大强度人类经济、社会活动的作用下，自然生态过程发生了显著变化，荒漠河岸林生态系统因人类对自然水资源时空格局的改变而受到严重影响，塔里木河尾闾台特玛湖及下游400余km河道干涸河水断流，尾闾湖泊干涸，沿河地下水位大幅度下降，以胡杨林为主体的荒漠河岸植被全面衰败，下游天然绿洲不断萎缩，沙漠化过程加剧，生物多样性严重受损，塔里木河下游的“绿色走廊”濒临消失，严重危及区域经济社会可持续发展和生态安全。

地下水是流域水资源的重要组成部分，是干旱区生态环境的命脉。塔里木河流域内地表水主要由流域管理机构管理，而地下水资源则实行分级分部门的行政区域管理，按照现有体制，当地自治州（地）、市、县（市）与新疆兵团师级、团级水行政主管部门按照分级管理的权限与范围，负责相应的地下水资源管理工作。塔里木河流域地下水主要由地表水转换而来，地表水、地下水处于分割管理的状态，管理不能统一，造成流域内无序打井、超采地下水现象日趋严重。塔里木河流域地下水资源具有典型的“公共池塘资源悲剧”特征，在区域利益驱动下，区域水行政主管部门往往放纵打井取水、过度开采地下水等行为，对流域地下水平衡与生态环境产生了严重影响，地下水资源的过度开发利用，造成部分地区河道断流、湖泊水位下降，产生了一系列生态环境问题。(www.daowen.com)

除了《水法》外，我国尚没有全国性的地下水管理法规，新疆虽然在2002年就制定了《新疆维吾尔自治区地下水资源管理条例》，但没有制定塔里木河流域的地下水管理法规。目前塔里木河流域还没有健全的地下水管理法规，已制定的水资源管理条例中，虽提及地下水管理，但缺乏现实针对性与可操作性，对违法者的震慑力不够，违法行为很难得到及时有效的遏制。一方面没有做到有法可依，另一方面流域范围太大，难以做到执法必严，而且在流域与区域共同管理体制下，区域执法往往容易放纵区域内利益，也导致不能做到违法必究。2010—2012年间，与水资源相关的水事违法案件逐年增加，2012年的水资源案占当年水事违法案件的51%，成为最主要的水事违法行为。