流域水行政执法的根本要求是“有法可依、有法必依、执法必严、违法必究”，是法制建设的基本内容和要求，也是法制建设的长期方针。

按照《水法》规定，流域管理机构是水行政执法主体之一，也是流域管理中重要的执法监督者，是确保流域依法管理顺利有序的关键。因此，流域水行政执法应当遵循以下原则：

1.合法原则

合法原则主要是指行政执法主体、权限、执法的构成要件、内容、程序、责任的确定等要合法。首先，执法主体合法，要求执法机关必须是法律、法规规定的行政执法主体，并在其法定的权限内执法。其次，执法依据合法，法律、行政法规、规章是行政执法的依据，“法无明文规定不罚”。第三，执法程序合法，不遵守法定程序的行政处罚无效。

2.公开原则

公开原则有两层含义：一是有关行政执法的规定要公布，使公民事先了解。《中华人民共和国行政处罚法》第4条规定 “未经公布的，不得作为行政处罚的依据”，凡是要公民遵守的，就要事先公开；二是对违法者依法给予行政处罚要公开。行政处罚程序公开非常重要，处罚程序公开对水行政主管部门或其工作人员提出的要求，不仅是程序上的，而且是实体上的，即要求水行政主管部门或其工作人员依法处罚。

程序公开主要体现在：①水行政处罚机关在作出行政处罚决定之前，应当告知当事人作出水行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利；②当事人有权陈述和申辩，处罚机关必须充分听取当事人的意见，拒绝听取当事人的陈述或者申辩，水行政处罚决定不能成立；③水行政处罚机关作出较大数额罚款，吊销许可证等重大水行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利，当事人要求听证的，水行政处罚机关应当组织听证。(www.daowen.com)

3.公正原则

公正原则指实施水行政处罚，调查、认定事实，收集证据，适用法律、法规及规章，都必须公正办事，符合客观。为此，水利部《水行政处罚实施办法》规定了回避制度，即调查人员与其所调查的案件有直接利害关系的，应当回避，被调查人也可以向水行政处罚机关申请其回避，这是保证客观、公正执法的一项法律制度。尤其是水行政主管部门在行使处罚的裁量权中，更要强调公正办事。处罚公正，还应做到罚与事相当，即处罚应与违法行为的情节、后果适度，避免事轻罚重或者事重罚轻现象。近年来推行的“罚缴分离”、“收支两条线”等制度，就是为有利于客观、公正执法采取的重要措施。

4.保障当事人权利原则

在行政执法中既要提高行政效率，同时也要十分重视保障公民的合法权益。国家除了在立法上全面系统的体现这一原则外，还制定了《中华人民共和国行政处罚法》、《中华人民共和国行政复议法》、《中华人民共和国行政诉讼法》、《中华人民共和国国家赔偿法》，规定行政管理相对人享有陈述权、申辩权、听证权、申请行政复议、行政诉讼、要求行政赔偿的权利，切实维护公民在行政活动中的合法权益。

5.公平原则

在水行政执法中要做到行政主体行权不偏不倚，符合法律正义的标准。如在实体上，依法办事不偏私；依法考虑相关因素，不歧视等；在程序上，回避、职权分离等。它表现为结果、过程公平，源于平等权，同等情况同等对待，不同情况不同对待。即同等的对等，对等的同等。