深化流域管理机构建设，流域管理机构的职能应集中统一。在一个流域内，不能设立多个平行的流域性管理机构，所有有关流域性的管理事务，都应集中统一到一个流域管理机构。同时，流域管理机构应有完全的独立自主管理权。应该让各方面的代表充分参与流域的管理，包括参与决策和监督决定或决议的贯彻执行。按照上述三个原则，未来的流域管理机构应该是流域管理委员会加执行机构的双层体制，需要将按流域统一管理与分地区、分部门的分级管理相结合，明确划分各级管理机构的职责和权限，在运行过程中并行。流域管理委员会的职责就是制定政策，作出各项决议和决定。在流域管理委员会下设执行机构，这个执行机构的职能是执行流域管理委员会所制定的一切政策和所作出的所有决议和决定。

流域管理机构水管理体制究竟应采取何种组织形式，不但取决于流域本身的自然状况和社会经济状况，还要适应本国政治、经济体制和国民经济发展的总体战略要求。流域管理机构水资源管理体制改革一直是流域管理研究的重要问题之一，尤其是在目前新旧体制转轨变型的情况下，关于流域管理机构水管理体制更是人们广泛关注的重点，综合近年来已提出的一些设想和建议，关于流域管理机构的体制主要有以下3种：

（1）效仿美国田纳西流域管理模式，改革现有的流域管理机构，使其成为中央政府一级的特殊的流域水行政管理机构，既有行政机构的管理职能，又有企业实体的经营职能，流域内所有水事由流域管理机构统管。

（2）建立全能的流域水利委员会，作为代表流域内各地区和各部门利益的议事决策的“水议会”，由流域内各省区的政府代表、中央与水的开发利用有关的各部委的代表、流域内用水户代表组成，下设流域管理局，作为流域水利委员会的行政执行机构。

（3）巩固和完善现行流域管理机构水管理体制，进一步贯彻落实统一管理与分级管理相结合、流域管理与区域管理相结合的制度。(www.daowen.com)

第一种主张即田纳西流域管理局的管理模式是在美国特殊的社会历史背景下形成的，它不仅拥有对田纳西流域进行统一规划、开发和综合治理的事权，还拥有大片国有土地森林资源的所有权及使用经营权，不仅抓水电、航运的开发管理，也抓火电和核电以及天然气等的开发与管理，还参与社会、经济、政治、教育事业。第二次世界大战之后，许多发展中国家纷纷效仿，但并未成功。就我国的国情而言，我国是一个人口众多、水土资源紧缺、水害灾害发生频繁的国家，尤其是黄河流域跨九省区，地理范围广阔，各省区的经济条件差别较大，在水土资源利用的利害关系要求不尽相同，加之我国的行政区域管理具有较强的基础，类似于田纳西流域管理局的模式在我国不仅无法效仿而且难以实现。

第二种主张即建立一个全能的流域管理委员会，这种主张从流域管理的实践看也是不需要的。因为在我国流域几十年的管理中，曾先后成立了相关的专业委员会，如黄河流域成立有黄河上中游水量调度委员会、黄河防汛抗旱总指挥部、黄河中游水土保持委员会等专项委员会。多年的实践证明，这些委员会分别在黄河的防汛防凌、水土保持、水量调度等方面发挥了一定的作用，目前的问题是要加强这些委员会的组织和协调，使其能够适应新情况而更好的发挥作用。如果再成立一个全能的委员会，由于黄河流域情况复杂，涉及面广，在具体实施管理时所有问题都通过一个委员会，往往因组成委员会的各方在出现利益不一致时难以形成统一的意见，协调难度大，或议而不决、或决而难行，因此成立一个新的全能的流域管理委员会至少目前是不必要的。

既然上述两种管理体制存在这样或那样的问题，那么，第三种主张是否可行呢？以黄河流域为例。黄河水利委员会是1946年成立的，其成立之初虽然只是一个以下游防洪、治河为主的机构，但1950年政务院即决定 “为统筹全河水利事业，决定将黄河水利委员会改为流域性机构……”也就是说从1950年开始，黄委会就成为流域管理机构，以后在中国历次机构改革中都对包括黄河水利委员会在内的流域管理机构的地位、性质和职责进行了明确。从黄河水利委员会多年的运行实践看，目前的管理至少有以下几方面的优点。一是体现了流域统一管理的原则，由黄河水利委员会统一进行流域规划，1955年编制的黄河流域规划通过全国人大一届二次会议批准后，成为黄河流域治理开发的准则，在水资源监测、评价及水量分配等方面也是以流域为单元统一进行。二是体现了重要河段由国家统一管理的原则，如鉴于黄河下游在防洪等方面的重要地位，确定由国家设置单位直接管理，黄河50余年伏秋大汛不决口证明这种管理是卓有成效的，避免了由各地分散管理所带来的弊端。三是在一定程度上体现了流域管理与区域管理相结合的原则，黄河水利委员会实行流域管理，但并不排斥省区的管理，在各方面相互协作和配合，有些以黄河水利委员会管理为主，有些以地方管理为主，各司其职，各负其责，对黄河的治理开发和管理起到了很好的作用。但是，现有机构的管理并不是说明没有问题，随着管理向纵深的发展，深层次的问题不断暴露，迫切要求加快流域水管理体制的改革，加强流域管理机构的水管理能力建设，因此，巩固和完善现行黄河流域管理机构水管理体制，进一步贯彻落实统一管理与分级管理相结合、流域管理与区域管理相结合的制度是目前的流域管理机构水管理体制研究可供选择的一种方案。

另外，从系统管理的效能看，由于管理幅度的有限性，决定了实行分级管理的必要性。流域管理机构的水管理作为流域管理的最高层次，高度的统一是显而易见的，只有实行统一管理，才能避免“政出多门”、“多龙管水”的现象。但这并不意味着要把一切权力都集中到流域管理机构，适当的分权和分级管理是必须的，也是科学的。只有坚持统一管理与分级管理相结合的原则，才能使管理有序运行，发挥最大的管理效能。实践证明，对于一个跨多个行政区域的流域水管理而言，既要发挥流域管理机构的统一规划、综合协调和宏观控制作用，又要有地方水行政主管部门对具体的水事活动进行监督管理。因此，流域管理机构水管理体制改革的指导思想首先应建立在流域管理与区域管理相结合的制度之上，结合流域的实际情况，强化流域管理机构水管理的能力建设，运用行政手段、法律手段、经济手段和技术手段，建立起科学有效的水管理运行体系。