以上分析可以看出，我国流域管理机构的建立，对于完善我国流域管理和区域管理相结合的水资源管理体制发挥了重大作用，在具体的水事管理方面，对流域综合规划、水资源配置、防洪、水量调度、骨干水利枢纽建设及运行管理等方面也发挥了明显的作用，但纵观现有的流域管理机构，无论是中央组建的七大流域管理机构，还是由各地方政府组建的流域管理机构，从机构形式、职责职能、运行方式等，基本上都是大同小异。

（1）组织结构。均由行政命令的方式产生和成立，隶属于水行政主管部门或为水行政主管部门的派出机构，在水行政主管部门的领导下履行职责，很少是由法律或地方法规规定成立的，即使在某些法律、法规上对流域管理机构作出了规定，也是仅限于对某一项水事进行专门规定，缺乏对流域管理机构的组织进行明确规定。

（2）职责职能。从目前流域管理机构的职责职能看，大部分由水行政主管部门通过规范性文件进行了明确。从规定的内容方面看，流域管理机构的职责职能是相当广泛和全面的，几乎和水行政主管部门的职责职能是完全相同的，涵盖了水事活动的所有方面。

（3）运行方式。各流域管理机构的运行方式大致相同，都是按照规定的职责和权限共同在水行政主管部门的领导下，与地方水行政主管部门在同一流域开展工作，如取水许可管理、水资源规划等，但由于具体的权限划分不清或权限划分虽清晰但由于利益趋向而在实际管理中不执行，形成了“争权躲责”或 “趋利避害”。所不同的是大多流域管理机构还有一个办事机构的职责，即某一领导小组或指挥部的办事机构，如水土保持领导小组、防洪抗旱总指挥部等在该流域的办事机构。

（4）机构性质。各流域管理机构不论其称谓是委员会还是管理局，基本上都是事业单位或具有“行政职能”的事业单位，委员会的称谓是空的，是没有委员的委员会（极个别的除外，如塔里木河流域管理委员会）。(www.daowen.com)

（5）与地方水行政主管部门的关系。所有流域管理机构与地方水行政主管部门的关系均是平行的，既不是上下级关系，也不是业务指导关系，是各自按照规定的职责和权限开展工作，流域管理机构对地方水行政主管部门没有任何的约束、控制和监督，但出现行政区域间的水事纠纷则主要由流域管理机构进行协调。

（6）内设机构。各流域管理机构的内设机构也大致相同，原则上与上级水行政主管部门采取上下对应设置（只要是编制足够或上级批准），很少有根据履行其职责需要设置内部机构。有下属机构的，也尽可能是按照属地进行设置。

（7）经费支持。所有流域管理机构的经费来源均依靠上级财政拨款，而上级拨款主要是根据机构的人员考虑拨款的数额，很少有按照其履行职责所需要的多少考虑。目前实行部门预算可能会在这方面有所改变。