多年来，我国的流域管理机构在流域规划与治理、水资源管理与保护、防洪抗旱、重要水利工程建设与管理、水事纠纷的协调和处理等方面发挥了重要的作用，但随着经济社会的发展，我国的可持续发展对水资源管理提出了更高、更新的要求，流域管理也面临着顺应经济社会可持续发展的要求，而由于各种原因，我国流域管理还存在诸多问题，不能适应经济社会可持续发展的要求。

1.我国流域的固有属性使得流域管理面临很大的管理难度

我国水资源分布不均，南北相差悬殊，年内差异较大，对水资源的开发利用造成不利的影响，而我国各流域面积大，跨度长，如长江流域、黄河流域等从我国西部到东部，涉及到我国东、中、西部若干个省（自治区、直辖市），各行政区域的自然条件不同，经济发展水平不一，利益追求差异大，存在的制约因素和问题也各不相同，但各行政区域又因自然河流而紧密联系、相互影响。水的流动性、流域性的自然属性使得处于同一流域的各行政区域的用水、排污、防洪等必须统筹兼顾、综合治理和管理，统一协调、紧密联系。因此，管理的重点和难点就不可能统一，既要考虑流域的整体性，更要考虑各区段的差异性，势必对流域管理提出了更高的要求，也增加了流域管理的难度。

2.流域管理体制不能适应水资源统一管理的要求

我国现行的流域管理体制是在计划经济体制下主要为了治理、开发而产生的，不是法定的管理机构，因而在我国江河流域治理开发达到一定程度的情况下需要转向以流域管理为主的时候，这种体制和流域管理机构就难以适应流域水资源统一管理的要求。

（1）流域管理机构的地位、作用和权限有待进一步明确。现行水法对我国水资源管理体制作出了明确的规定，特别是对流域管理与区域管理制度和流域管理机构有了专门的规定，对流域管理机构的职责和权限也予以明确，流域管理机构的法律地位有了确认。按照水法的规定，我国水资源管理实行“流域管理与区域管理相结合”的管理制度，也明确了“流域范围内的区域规划应当服从流域规划”的条款，但是，在相应的制度安排上缺乏流域管理与区域管理之间的协调和统一问题，没有明确规定区域管理服从流域管理的要求，就使得区域管理与流域管理出现矛盾的情况下难以依法管理和协调，如何确保区域规划的制定与执行服从流域规划就难以得到保证。在水资源的开发利用和管理的制度安排上，强调的是地方各级人民政府和水行政主管部门的职责，而对流域管理机构在流域水资源统一管理和统一调度的规定上还过于笼统。由于我国还是发展中国家，因此各级政府普遍把财政收入最大化以及相应的区域经济发展作为最主要的目标。这一方面鼓励地方政府努力促进当地经济的发展，但另一方面也会导致地方保护主义的产生，在流域管理与区域管理出现矛盾时，流域管理机构的协调就会难以有效和有力。

（2）现行的流域管理机构是国务院水行政主管部门的派出机构，虽然名为委员会，但是无委员之实。流域管理机构在新《水法》中虽然被赋予了法律地位，明确了职权，但都是粗线条的、原则性的，难以具体操作，且其在各流域水资源统一管理和监督上的监控权、执行权都还有限，对流域宏观决策、流域管理政策法规的制定缺乏流域内各地区和用水户的民主参与以及对水资源的各种需求的协调。另外，流域管理对区域管理缺乏有效的协商、监督、制约机制。各有关部门和有关地区没有参与流域的管理，各流域管理机构难以发挥有效的协调和仲裁作用。目前，一些流域成立了各有关地方政府领导参加的防汛指挥机构和流域水资源保护领导机构，作出了有益的探索。

（3）现行的流域管理机构缺乏有效的调控手段。目前流域管理机构无论是在水资源开发和流域治理项目的审批、工程投入方面，还是在资源的调配、监督管理方面，都没有有效的手段来保证流域规划的实现，以至于流域内的一些关键工程久议而不决。

（4）现行的流域管理机构其内部职能部门的机构是以行政事业性质的部门为主，经营性企业为数不多。因而，经费不足，缺乏良性运行机制，步履维艰。(www.daowen.com)

（5）由于部门分割的原因，流域管理机构只能与上级管理部门进行信息交流，而与其他相关部门没有正式的信息交流渠道。

3.流域管理法律法规不健全

我国与流域管理有关的法律法规主要有水法、防洪法、水污染防治法、河道管理条例等，这些法律法规已授予流域管理机构流域水资源管理、保护、防洪、河道管理、水土保持、水工程管理等权限，但各项法律法规规定的管理体制存在一定差别，涉及流域管理的内容也不全面，相互间也缺乏协调性，导致执行中出现体制上的冲突，形成一事多部门重复管理或无人管理的现象，制约了流域管理和统一管理的实施。例如有关水土保持工作，新 《水法》规定按 《中华人民共和国水土保持法》执行，但 《中华人民共和国水土保持法》尚未提到流域管理机构的职责，如不尽快修订 《中华人民共和国水土保持法》，流域管理机构在水土保持方面的流域水行政职责就会受到很到影响。

虽然新《水法》明确了改革的目标，但是体制改革必然涉及利益的调整、观念的改变，与国家政治体制改革也密切相关，这就使得流域管理机构及区域水行政主管部门在水资源管理过程中面临很多问题，现有水法规体系仍不健全且针对性较弱，水资源管理制度，尤其是与流域水资源统一管理相关的具体制度尚未完善，不足以或不能为流域水资源统一管理提供具体全面的依据与基础。流域管理机构难以具体操作，需要一系列配套的法律法规和流域管理制度的研究制订。流域管理机构和地方水行政主管部门及其他有关部门在水资源主权、事权的认识和理解上各自一套，意见难以统一，这都需要在更高的法律、制度、管理层面上进行衔接、协调和沟通。

4.缺乏明确的产业政策

水利是国民经济的基础产业，水资源的开发工程是国民经济的基础设施，不仅投入大，周期长，其运行还要承担防洪等一些公益性任务，水价、电价由国家管理，不能完全按照经济规律办事。国外政府采取的措施是，一方面给予大量无偿投入；另一方面又给予一系列的优惠政策，如美国联邦政府经营的水电建设，其借款年利率最高达16%～17%，而当时，国营水电工程贷款年利率仅为7%多一点；德国和日本银行年利率一般为3%～5%，日本对水电建设采取长期低息贷款的方法，对中小水电建设还实行补贴。而我国在过去的10年中，水电建设由拨款改为贷款后，贷款利率高，还本期短。小水电贷款利率在8年间，由2.16%上升到19.6%。目前我国小水电的贷款利率高达13%，还本期为3年，由此经常出现建得起，还不起的状况。

由于产业政策不明确，以及体制上的原因，水资源综合利用工程难以建设，一些水电工程片面追求发电效益，没有留够防洪库容，给防洪调度带来很大困难。