50多年来，我国的流域管理机构在流域管理方面作了大量的工作，特别是近几年，随着机构职能的明确，承担了流域内水行政管理职责，其管理情况如下：

（1）以流域综合规划为中心，编制流域水资源规划及专业规划。自20世纪50年代起，我国各流域管理机构相继完成了七大江河流域综合规划的编制，其后又根据实践的发展多次进行了规划的修订和补充，不断完善。这些规划基本确定了各大江河治理开发任务、骨干工程布局、主要治理措施等，经国务院或国务院授权的有关部门批准，已成为各江河流域管理的基本依据。同时，在流域综合规划的基础上，编制了防洪、水资源等专业规划。

（2）开展了流域水资源配置和初始水权分配工作。根据各流域实际情况，对所在流域的水量分配进行了研究，提出了流域水资源配置方案和水量分配方案，如1987年经国务院批准的黄河可供水量分配方案、黑河水量分配方案、漳河水量分配方案及海河流域的拒马河初始水权分配、松辽流域的大令河初始水权分配等。

（3）按照授权开展了流域取水许可管理工作。1994年之后按照水利部的部署，各流域管理机构根据国务院取水许可制度，实施了对流域取水许可总量控制和指定河段限额以上的取水许可管理工作，实施了登记、发证、监督管理和建设项目水资源论证工作。

（4）开展了流域水量统一调度工作。1999年开始了黄河水量统一调度工作，遏制了黄河断流的势头，确保了黄河自2000年以来不断流。组织了黑河流域、塔里木河流域、引江济太、扎龙湿地补水、引黄济津、珠江流域压咸补淡等流域水量的统一调度和跨流域水量调度工作。

（5）协调了多起流域水事纠纷。组织协调和处理了黄河、海河、淮河、长江等多起积累几十年的省际之间的水事纠纷，维护了流域治理和管理的水事秩序。(www.daowen.com)

（6）制定了流域水资源管理的政策和制度。根据国家法律和行政法规，结合各流域管理实际和需要，制定了各流域水资源管理等方面的政策和制度，有的已被国家法律所吸收或上升为行政法规。如黄河水量调度管理条例、黄河流域取水许可总量控制管理办法、长江采沙管理办法、珠江河口管理办法等，对流域水管理起到了重要的规范和指导作用。

（7）实施了流域水质监测和水资源保护工作。开展了各流域水功能区划分、流域排污总量限排、入河排污管理及流域水质监测工作，处理了多起水污染突发事故。

（8）作为有关领导小组或指挥部的办事机构，在水资源保护、防洪、水土保持等方面起到了联系、协调的作用。

目前，我国各大江大河流域防汛（抗旱）总指挥部办公室均设在各流域管理机构内，长江、黄河等流域的水土保持领导小组办公室也设在流域管理机构内，淮河、松辽流域的水资源保护保护领导小组办公室设在流域管理机构内，在这些方面，流域管理机构起到了业务参谋、联系和协调的作用。