从1999年开始，美国环保协会与当地政府开始在南通和本溪两地进行排污权交易的试点。2002年年底，南通达成了国内首笔二氧化硫排污权交易。

在美国环保协会的协助下，从2001年开始，国家环保部门分别对上海、江苏、山东等7个省市进行了排污权交易的试点。到目前为止，试点7省市中的部分地区已经基本完成了对污染指标分配、相关法规制定等基础性工作，江苏还开始尝试在全省范围内进行排污权交易的试点。从2002年开始，南通从污染物排放总量控制入手，还构建了水污染物排放权交易体系。

一些地方性的排污权交易法规相继出台，如山西省太原市的排污权交易法规，河南省出台了《二氧化硫排放许可证管理办法》和 《二氧化硫排污交易管理办法》。据了解，河南省此举的目的是“用制度确保企业持证、按证排污”。他们利用在线自动监测网技术全天候不间断地监测、记录企业的二氧化硫排放情况，并向环保部门传送。

浙江省嘉兴市秀洲区制度设计比较成熟，并从2002年9月推行这一制度，2002年6月份，秀洲区环保分局，联合区物价局和区财政局，制定了《秀洲区水污染物排放总量控制和排污权有偿使用管理试行办法》（以下简称 《试行办法》）。内容包括排污指标初次分配的有偿使用和在此基础上的排污指标有偿交易两个方面；环保部门根据两条原则向企业分配初始排污权，一是企业环境影响评价批复中规定的污染物排放量，二是参照2000年太湖流域治理达标时企业拥有的污水处理设施的处理能力。关于排污权购买价格问题，当地环保部门参照了日处理1万t级生活污水集中处理厂的投资成本，推算出排污企业日排放1t达标废水的排污权购买价格为300元，秀洲区境内的新建、扩建、改建项目日新增1t达标废水的排污权购买价格，以上述价格计算；在具体操作上，秀洲区环保部门作为境内废水排污权的出让人，受理排污权交易申请、购买以及过户登记手续；全区回收的废水排污权初次分配的有偿使用费和排污权交易增值部分的30%的费用，将被收取进入区财政，作为重大环保工程的建设资金。(www.daowen.com)

在这个总量控制的前提下，《试行办法》规定，新建、扩建、改建的排污单位，必须先办理排污权有偿使用手续，才能进行环保评审；原先已经无偿取得排污总量指标的单位，在2005年底前完成排污产权制度的改革。

按照新办法，排污权费用的计算公式是：300元×年排废水量 （t）÷330 （企业年工作天数）天。以上暂定的购买价格，今后可根据市场供求关系每年作适当调整。购买了排污指标的企业，《试行办法》规定其有效期为50年。

目前我国排污权交易还在试点中，排污权交易是一个系统工程，而我国现在只完成了这个系统的一小部分，在很多方面都亟待完善。突出的问题包括：国家尚未出台有关的法律法规和监督管理办法。排污权交易实施的前提是排污总量控制，然而要控制总量，首先要科学、准确地测算出一个控制区域的最大污染物排放允许量，环保部门需要知道每个企业排污量是多少，就必须将跟踪、监测排污的数据量化，这样就要求尽快建立完善的监测网络。排污权初始分配也是一个技术性、政策性极强的工作，尚没有建立一套排污权初始分配的机制。污水排放权中由于水的流动性的特点，和其他排污权交易相比，有其特殊性的方面，如水资源不同丰枯条件下水环境容量不同、跨行政区域管理问题。由于环保部门掌握着排污权的分配指标和交易方式，一旦权力参与排污资源分配，权力寻租就难以避免。地方保护和干预可能出现影响排污权交易公平、公正的问题等。但从试点的情况看，实行排污权交易将是我国进行环境治理的一个趋势。