监督管理系统主要包括：省界监督管理、水功能区监督管理、入河污染物总量监督管理、入河排污口监督管理、供水水源地监督管理。

（1）省界监督管理。根据省界水质断面监测数据的评价结果，对各行政区域断面的水质污染状况进行监督，为调查处理、仲裁省际间水事矛盾纠纷提供依据，并计算各省区排污总量，为实施总量控制提供方案。掌握省界水体水质现状，定期编制“流域省界水体水环境质量状况通报”和 “流域省界水体水环境质量年报”，监测成果及时按规定的要求上报水利部、国家环保总局、流域管理机构，并发送给流域内各省区有关部门，同时在重要新闻媒体上公开发布。

（2）水功能区监督管理。根据各个水功能区的水质情况，对流域干流的保护区、保留区、缓冲区、开发利用区（饮用水水源区、工业用水区、农业用水区、渔业用水区、景观娱乐用水区、过渡区、排污控制区）等水功能区编制水质监控计划；利用水质模型，提出缓冲区划分方案，利用计算消减量来划分缓冲区范围长度；对供水水源地提出保护措施优化方案，通过对污染源的治理、污染源搬迁，排污口及取水口优化调整等费用曲线，计算得出既达到目标费用又最低的优化方案；对水功能区合理性进行调查分析，并结合经济社会发展要求，及时对部分水功能区进行调整。

（3）入河污染物总量监督管理。通过对支流口、排污口的水质、水量等数据的分析计算得出各行政区、支流及排污口的污染物排放总量情况，并依据总量控制方案，对不达标者报警；根据河流的特征及水流特点，通过水质数学模型，计算河道的环境容量，确定水域纳污能力；根据河段的水功能区要求及环境容量和水质模型推算污染物的排放总量；根据批准的流域水资源保护规划和水量调度方案，可以编制不同的水量旬、月污染物总量控制计划，因水量的变化，需对此做出总量控制应变计划；编制年度污染物总量排放方案，即最优化方案，通过对污染源的排放量及排污浓度、污水处理设施的处理率、投资价格和运行费用曲线等，得出最优化的消减量方案，从而编制年度污染物总量排放方案，最终达到预测水域纳污能力，提出该水域的限制排污总量意见或排污计划。(www.daowen.com)

（4）入河排污口监督管理。对干流和支流的入河排污口废污水入河量、水质进行分析计算，得出污染物总量；采用国家或地方污水排放标准，监控其水质和总量是否达标；采用等标污染负荷法计算，得出各行政区、河段、水功能区的主要污染物、主要排污口等监控对象，以用于对干流、支流入河排污口废污水及污染物入河量监控。

（5）供水水源地监督管理。对重点城市供水水源地水质状况及其影响水质污染的各类行为和污染源进行监督管理。通过水质数学模型，计算水域纳污能力，提出保护措施及优化方案，定期发布供水水源地水质公报。