根据我国水资源保护和水污染防治总体要求和达标排放与水体污染日趋严重、征收排污费力度加大与水资源保护缺乏投入的现实，水污染防治和水资源保护的管理权应高度集中，把水质与水量、流域管理与区域管理、总量控制与浓度控制、点源防治与面源防治更紧密地结合起来，统一管理，统一规划，统一监督，统一监测，从国外对水污染防治的经验看，国家应组建资源环境部，统一负责全国资源、环境的监督管理工作，将水污染防治与水资源保护结合起来，统一监测、统一治理、统一管理。

在我国现行行政管理体制的情况下，应首先理顺管理体制，明确部门间在水资源保护和水污染防治中的职责权限，做到团结一致、分工合作、协同作战、联合治污。

1.明确部门间职责划分，建立和完善部门协调机制，加强部门合作

（1）划分职责。按照水法和水污染防治法规定，由国务院明确界定水行政主管部门和环境保护行政主管部门在水资源保护和水污染防治间的职责划分。

水行政主管部门的职责：负责流域水资源保护的规划编制，组织水功能区划并实施监督管理，审定水域纳污能力，提出限制排污总量意见，负责入河排污许可和监督管理工作，统一监测全国江河湖泊水环境质量并发布全国水环境质量公报，向环境保护行政主管部门通报有关监测数据。

环境保护行政主管部门的职责：负责污染源的水污染防治规划并监督实施，负责按照水行政主管部门提出的流域纳污能力和限制排污总量意见，制定各行政区域和重大排污口的排污总量并监督实施，协同水行政主管部门进行水资源保护执法。

（2）建立水资源保护和水污染防治重大问题会商制度。由国务院水行政主管部门和环境保护行政主管部门及国务院有关部门，定期就水资源保护和水污染防治重大问题进行会商，提出流域水资源保护和水污染防治措施，协调流域各省 （自治区、直辖市）统一行动，解决重大水事问题。

（3）统一监测。将目前由环境保护主管部门和水行政主管部门分别建立的水环境监测体系合并、优化，建立全国的水环境监测网络，由水行政主管部门负责统一监测、统一标准。

（4）统一规划。由水行政主管部门和环境保护行政主管部门按照流域纳污能力和排污总量控制，统一编制全国和各流域水资源保护规划和污染源防治规划，协调好两个规划之间的关系。(www.daowen.com)

（5）统一执法。针对资源开发的生态环境保护等问题，建立定期或年度的部门联合执法检查。

2.强化现有的流域水资源保护机构

目前的各流域水资源保护机构是20世纪70年代由城乡建设环境保护部和水利电力部共同负责组建和管理，并设在水利部派出的七大流域管理机构内，随着我国行政管理改革，原来的部委撤、并、改，行政职能发生了很大变化，但在国务院机构改革后对流域水资源保护机构没有重新界定和明确，现在这些流域水资源保护机构名义上是由水利部和国家环境保护总局双重管理，但实际上是水利部七大派出机构的下属机构，并没有列入国家环境保护总局的机构序列。虽然这些机构在流域的水资源保护、水环境监测等方面发挥了重要作用，但由于体制不顺，法律地位缺位，不能在流域水资源保护中发挥更大的作用，因此应强化流域水资源保护机构，具体设想可将现在的流域水资源保护机构从目前的水利部派出的流域管理机构中单列，由国务院明确为水利部和国家环保总局的共同派出机构，两部（局）直接管理，业务上可接受目前的流域管理机构指导。

3.成立流域水资源保护和水污染防治协调领导小组

在各流域成立由水利部和国家环保总局、流域水资源保护机构、流域内各省 （自治区、直辖市）人民政府组成的流域水资源保护和水污染防治协调领导小组，负责流域水资源保护和水污染防治重大问题的协调协商，制定流域水资源保护规划和污染源防治规划，制定流域各行政区域排污总量意见和限制排放意见，制定流域省界水环境质量标准，处理流域跨省（自治区、直辖市）重大污染事故。议定事项由流域水资源保护机构负责执行并监督管理。

4.明确划分中央和地方政府在水资源保护和水污染防治中的职责

在水资源保护和水污染防治中，中央应着重制定具体的政策和标准，组织规划的编制，提出限排意见，对行政区域的水资源保护和水污染防治进行监督管理，协调处理跨省水污染事故；行政区域应严格执行中央关于水资源保护和水污染防治的政策和标准，负责实施水资源保护规划和污染源防治规划，落实排污总量和限排意见，保证省界水体水质达标。

在流域水资源统一管理调度和保护的前提下，要明确水资源保护和污染源防治地方行政首长负责制，实施领导干部水环境保护实绩审查制，将水环境和水生态状况纳入地方党政领导干部政绩考核内容，并制定相应的责任追究办法。把各级政府对本辖区水资源保护和水污染防治责任落到实处，建立相关的审计、监察制度。