（1）不合理的人类开发与建设活动对流域、区域生态系统的破坏非常严重。随着我国经济社会的快速发展，对水、土地和生物资源的开发利用强度日益加大，人为开发活动已经成为生态环境不断恶化的重要因素。

（2）粗放的经济增长方式是导致生态环境恶化的重要原因。我国人均资源占有量不到世界平均水平的一半，但单位GDP的用水量、废水排放量均大大高于世界平均水平。

（3）水资源保护工作基础薄弱。目前尚没有建立完整的全国水环境环境监测网络，不能对生态环境现状做出客观、全面的评价。一些生态产业在税收、政策等方面缺乏国家的政策支持。水资源保护管理与执法监督体系不健全。水资源保护与水污染防治监督管理体制不顺，职责不清，水行政主管部门及流域水资源保护部门难以发挥统一监管作用。能力建设落后。相关法律、法规、政策、标准不完善。大部分地区尚未开展现场执法工作。(www.daowen.com)

虽然我国实施了排污许可证制度，但由于未和水环境容量直接挂钩，仍然出现水体严重污染的现象。因此，现有的排污许可证制度应该以目标总量控制为基础转为水环境容量控制为基础，这样才能从根本上遏制水污染、改善水环境质量。目前的总量控制是以排污目标总量控制为基础的，并不是以水环境容量为基础的，而是根据各个企业的排污申报登记的排污量、地方经济发展水平、环保技术控制水平以及地方总量控制指标等因素而确定的。