取水许可制度和水权制度都是水资源管理的重要手段，两者相互联系。水权制度是取水许可制度实施的基础，只有建立了水权制度，取水许可的审批才有依据和基础。取水许可制度是水权制度的具体实施手段。根据我国的取水许可制度和水权的定义，取水许可制度和水权制度有以下几个不同的差异。

（1）两者的性质有所不同。水权的内涵比较丰富，首先是指水的所有权，同时涵盖了对水的使用权、处置权和经营权；水权的界定更为详细、明确，特别是在总量控制和生态用水方面，都有相应的水权；而取水许可仅指对水的使用权，一般指的是河道外工农业和经济用水等。取水许可只是水权的一种形式，因此，必须先明晰水权，特别是水的所有权，才能通过取水许可获得水的使用权。

（2）取水许可是水权的细化和具体化，水权包括行政区域，也可指某个用水户，特别是初始水权，仅指某行政区域而言。而取水许可则只针对某一个具体的用水户。

（3）水权一般指多年平均情况下的所有权和使用权，而取水许可则是取水者取水的最大能力和多年平均水量，原则上只能减少，不能增加，如在枯水年取水许可管理机关可以根据来水情况对取水许可的水量进行核减。(www.daowen.com)

（4）我国目前所指的水权是不需要申请的，是国家（中央政府或各级人民政府）进行分配的，也可以通过协商，达成协议后经过国家批准；而取水许可只能通过申请并符合一定的条件，由水行政主管部门或流域管理机构批准而获得。

（5）水权具有经济属性，而取水许可不具有经济属性。水权可以通过转让或出售获得一定的经济利益。而我国规定取水许可证是不能转让的，是不能获得经济利益的。原则上如果流域或区域水资源条件不发生大的改变，水权是相对稳定的，没有具体的时间限制，而取水许可证有效期是10年，到期需重新进行申请。