自我国普遍实施取水许可制度以来，取水许可制度已取得了明显的成效。

（1）已初步将全社会用水纳入到水资源统一管理中。各级水行政主管部门已对全国160多万个取水工程进行了登记、审核，受理了3万多个新建、改建、扩建项目的取水申请和预申请，发放取水许可证70余万套，经水行政主管部门审批的水量已经占全社会用总水量的85%以上。

（2）水资源统一管理的格局在全国范围内基本形成，特别是促进和实践了流域管理与区域管理相结合的水资源管理体制。1988年我国颁布实施的 《水法》虽然加强了对水资源的统一管理，但未对流域管理机构在水资源管理中的法律地位作出明确规定，致使流域管理机构在实施流域水资源管理中的分配、调度、监督、控制的作用不能得到有效的发挥，也不利于按流域统一管理水资源。1993年国务院颁布实施的 《取水许可制度实施办法》对流域管理机构在取水许可中的地位和权限进行了规定，初步建立了水资源统一管理下的流域管理与区域管理相结合的水资源管理格局。

（3）初步实现了对城乡之间、工农业之间、行政区域之间的生活、生产和生态环境用水要求的统筹兼顾、统一协调。

（4）初步将全社会的取水、用水、退水纳入到计划用水的轨道，促进了节约用水。正因为如此，全国平均每年以1%的用水增长率维持了平均每年1.4%的人口增长和9%的经济增长。(www.daowen.com)

（5）初步制止了乱采滥取和其他破坏水资源生态环境的行为，使因地下水超采引起的生态和环境问题有所缓解，同时也避免了水事纠纷的发生，推进了水资源保护工作。

（6）积累了取水许可制度实施和监督管理的经验，形成了一系列取水许可实施的制度、办法等。制定了《取水许可程序审批规定》、《取水许可监督管理办法》、《取水许可水质管理规定》、《取水许可技术考核通则》等。

但是，从取水许可制度实施以来，还存在一些问题亟待解决。一是尚存在申请许可范围界定不够清晰的问题，取水许可制度实施过程中经常出现执行困难和扯皮现象。由于取水水源和取水方式的多样性，特别是以往在水资源管理中存在的多头管理的局面，使得取水许可制度在实施过程中出现了适用范围问题。如对于水电站是否应实施取水许可存在分歧，有人认为水电站不消耗水量，不属于取水工程，不应该办理取水许可。而有关部门认为地热水、矿泉水因具有一般地下水所不具有的特殊的物理、化学特性，在适用法律上产生分歧，应办理采矿许可证等。二是《取水许可制度实施办法》规定的取水权的运作依然是不符合社会主义市场经济的模式，规定的义务多，缺少保护取水人权利的规定。三是在水资源分级分部门的管理体制下，制定《取水许可制度实施办法》不适应水资源统一管理和取水许可统一管理的要求，导致不利于对地表水与地下水、城市和乡村的水资源进行统一调配，一些地方仍存在城市与乡村、地表水与地下水管理职责分工的矛盾。四是流域管理机构在取水许可总量控制和取水许可监督管理方面缺乏强制力和约束力，不利于对流域用水进行控制和配置，不利于流域水资源统一管理与调度。五是取水许可监督管理应进一步规范、强化、有力，取水许可审批、申请程序应进一步公开、公平、公正、高效和便民。六是取水许可审批权限过于分散。就水行政主管部门取水许可的审批，按照目前的规定，仍然是由流域管理机构和地方各级水行政主管部门进行审批，权限过于分散，不利于对取水许可进行总量控制和管理。特别是水资源严重短缺地区，取水许可审批权限没有高度集中，难以实行总量控制管理。

同时，随着我国经济社会的快速发展和行政体制改革的逐步深入，取水许可工作也正面临着一些新情况。一是建立节水型社会对水资源合理配置，节约利用水资源提出了更高的要求，作为水资源配置重要手段的取水许可需要根据实施的经验和存在的问题及实际情况，进一步完善和规范；二是按照新《水法》，对取水需要加强统一管理，并强化流域管理的作用；三是依照《中华人民共和国行政许可法》的规定，需要进一步明确取水许可的条件、程序，增加水资源配置的透明度，便于社会监督。因此，2006年国务院修订了1993年的取水许可办法，颁布实施了《取水许可与水资源费征收管理条例》（国务院令第460号）。该条例对取水许可实施的关键问题进行了明确、调整和规范。修订条例最主要的是进一步理顺了取水许可管理体制，对取水许可制度实施的有关环节进一步进行了规范，完善了取水许可申请、审批的制度，加强了取水许可监督管理方面的规定，加大了对违反取水许可管理的违规违法行为的处罚力度。