（1）水资源配置涉及因素多，要统筹兼顾。水资源配置既要考虑流域上中下游、左右岸、干支流不同区域之间的用水需求，又要考虑工业、农业、城镇生活、人畜用水、生态用水等行业用水需求；既要考虑河道外用水需求，又要考虑河道内用水要求；既要考虑水量要求，还要考虑水质要求，有时候还需要考虑水位、水温等特殊需求；既要考虑历史的因素和当前的需求，又要考虑长远发展的需求；既要考虑地表水的分配，也要考虑地下水的分配。因此必须统筹兼顾，相互协调，不可偏配。

（2）水资源配置条件复杂，要科学计算、分析。水资源配置是经过科学计算、定量分析才能得出来配置结果的，在计算过程中要考虑水库的调蓄、用水增长预测、不同来水频率、不同保证率、水流传播时间、蒸发渗漏损失、天然径流还原等各方面的条件，计算工作量大、条件复杂，因此需要准确的资料、科学的预测、精确的计算，不能马虎应付。

（3）水资源配置政策性强，要坚持原则。水资源配置是各地区、各部门发展的水资源条件的依据和保障，是用水权益的分配，是一个流域范围内各方利益主体共同关心的问题，既是一项科学的工作，又是一项政策性很强的工作，必须坚持按照法律、法规规定的原则，公开、公平、公正的配置，不得偏袒任何一方，更不能损害国家的利益。(www.daowen.com)

（4）水资源配置协调难度大，要充分协调协商。水资源配置涉及因素多，涉及地区、部门和行业多，各方利益和追求的目标差异性大，需要充分协调协商，因此要进行多方案比选，科学论证，选择各方都能够接受的方案。

（5）水资源配置形式多样，要根据实际情况确定。水资源配置的结果表现形式是多方面的，有水量的分配、流量的分配、质量的分配、时间的分配和时段的分配等多种不同的表现形式和结果，要根据流域实际情况选取符合实际的方案。