国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制。国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理和监督工作。国务院有关部门按照职责分工，负责水资源开发、利用、节约和保护的有关工作。这些规定有以下三项内容。

（1）水资源必须统一管理，不能部门分割管理。按照资源管理与开发、利用、节约和保护管理分开的原则，各级政府水行政主管部门代表国家负责水资源统一管理和监督工作。政府其他部门按照职责分工，负责开发、利用、节约和保护的有关工作，但不负责资源管理，也就是在水资源的权属管理和规划、调配、立法等重要水事活动统一管理的前提下，发挥各部门的作用。

（2）水资源的统一管理是对地表水、地下水，城市与农村，水量与水质实行整体性的综合管理。水资源管理的核心是水资源的权属管理。水资源权属管理当前主要是对水资源实行统一规划、统一配置、统一调度、统一发放取水许可证、统一实施水资源有偿使用制度、统一管理水量水质。

（3）水资源的权属管理按照流域管理与区域管理相结合、统一管理与分级管理相结合的原则实行。水资源的所有权由国务院代表国家行使。国家统一制定全国水资源战略规划，以流域为单元对水资源实行统一规划、统一配置、统一监督管理。经国家批准的流域规划是流域内水事活动的基本依据，地方政府在中央的统一规划和监督管理下，对其权限内的水资源的所有权实行统一管理，即区域管理服从于流域管理。

《水法》规定的水资源的统一管理制度也是基于以往水资源分割管理而明确规定的。(www.daowen.com)

水资源的统一管理应该处理好以下几方面的关系。

（1）处理好水资源管理中中央与地方的关系。《中华人民共和国宪法》规定：“中央和地方的国家机构职权的划分，遵循在中央的统一领导下，充分发挥地方的主动性、积极性的原则”，这是处理好水资源管理中中央和地方关系的基本原则。随着水资源紧缺和水污染加剧的趋势，国家需要对流域、甚至跨流域进行水资源配置，以保证国家整体的利益。新 《水法》明确规定“水资源属国家所有，水资源的所有权由国务院代表国家行使”，“国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理和监督工作”。这是国家对水资源实行统一配置的法律基础，也是经济社会发展和水资源形势的需要。有的人认为，本行政区域的水资源，都是属于本地区所有，应当由本地方对其区域内的全部水资源实行取水许可和征收水资源费；还有的人认为，下游用的水是从上游流下去的，下游地区应当向上游缴纳水资源费，这些认识都是不正确的。国务院代表国家行使水资源的所有权的管理，主要是通过制定管理水事活动的行政法规和政策，全国水资源战略规划、流域规划，河流水量分配方案等对全国水资源进行统一配置、统一调度和监督管理，地方政府应当按照规定权限对水资源实行统一管理，保证法律和行政法规的遵守和执行。我国地域辽阔，水资源的状况和经济社会发展水平不同，水资源管理应当结合本地区实际，充分发挥积极性和主动性，这样水资源才能管理好。特别是经常性的具体管理活动，绝大部分应当由地方政府来实施。地方可以结合实际制定地方性的水法规和政府规章，制定有利于水资源可持续利用的政策和各项规划、计划。地方制定的区域规划应当服从流域规划，要严格执行经批准的流域规划、河流水量分配方案和水量调度计划，不得各行其是。

（2）处理资源管理与开发、利用、节约和保护工作的关系。主要是处理好部门之间的关系，既要统一管理，又要发挥各部门的积极性，各部门之间的管理主要通过国务院确定的各部门的职责来明确，如1998年国务院机构改革明确规定：水利部为国务院水行政主管部门，规定原地质矿产部（国土资源部）承担的地下水行政管理职能交给水利部承担；开采矿泉水、地热水只办理取水许可证，不再办理采矿许可证；原有建设部承担的指导城市防洪职能、城市规划区地下水资源管理保护职能，交水利部承担；建设部门负责指导城市采水和管网输水，用户节约用水工作并接受水利部门的监督；水利部负责拟定水资源保护规划、组织水功能区划审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。

（3）处理好流域管理与行政区域管理的关系，强化流域管理。