锦屏二级水电站辅助洞工程横穿锦屏山脉，由A、B两条平行的隧道组成。工程施工沿线没有条件布置施工支洞，分别从锦屏山东端、西端独头开挖掘进。辅助洞西端进口设于西雅砻江的景峰桥上游约100m处，东端出口设于东雅砻江右岸大水沟下游，洞线平行于引水隧洞，由两孔单车道组成，两孔隧道均位于锦屏二级水电站引水隧洞的南侧，隧道中心距35m，距施工排水洞轴线的最小距离35m。两孔单车道均为城门洞形，位于南侧的A线辅助洞洞长17561m，设计净宽5.5m，设计净高4.5m；位于北侧的B线辅助洞洞长17571m，设计净宽6.0m，设计净高5.0m。

辅助洞工程是锦屏一级、二级水电站的“交通命脉”，西端进口与在建的锦屏一级水电站的进厂公路、上坝公路相连接，东端出口公路与锦屏二级水电站的场内公路相连，并可通过对外专用交通公路实现与外界的交通联系。是锦屏一级电站大型机电设备、大宗物资运输的主要通道，兼作二级水电站引水隧洞的勘探洞双重功能。辅助洞的早日建成通车关系到锦屏一级电站能否按期发电，关系到二级电站长引水洞能否加快施工，对整个工程起着至关重要的作用。

锦屏二级水电站辅助洞具有埋深大、洞线长的特点。均处于高山峡谷的锦屏山岩溶地区，地质条件复杂，主要工程地质问题为高地应力和岩爆、涌（突）水、有害气体、断层破碎带和围岩稳定等均位于已建隧道前列，综合性的规模指标和难度为世界第一，对我国地下工程界来说，如此巨大规模和地质条件复杂的隧洞工程的兴建是一个严峻的挑战。(www.daowen.com)

锦屏二级水电站辅助洞工程自2003年10月开工，截至2008年8月东、西端开挖贯通，加之地下水处理、混凝土路面浇筑、排水设施的施工，总历时5年多的时间。