如前所述，尽管永磁同步电动机具有许多优点，但永磁同步电动机应用中也存在一些问题。

1.不可逆退磁问题

如果设计或使用不当，永磁同步电动机（如钕铁硼永磁体）在温度过高时，或在冲击电流产生的电枢反应作用下，或在剧烈的机械振动时，有可能产生不可逆退磁，或叫做失磁，使电动机的性能降低，甚至无法使用。如何提高永磁材料的热稳定性，一直是重要的研究课题。

2.成本较高

相对三相异步电动机，永磁同步电动机的成本较高，目前需要用它的高性能和运行节能来弥补其成本上的不足。如果永磁同步电机的成本能够降低，将大大推进其推广和应用。

3.大规模生产问题(www.daowen.com)

永磁同步电动机的永磁材料具有很强的磁场强度，在将永磁体装入转子以及电机整体装配时，比异步电动机的工艺难度大很多，很费工时。尤其是功率较大的永磁同步电动机的安装，如果没有相应的工艺装备，装配难度很大，很难实现自动化生产线，即使是实现了自动化生产线，其成本也非常高。

4.控制问题

永磁同步电动机制成后不需要外部能量即可维持其磁场，但也造成外部控制难度加大，这也使永磁同步电动机的应用范围受到了限制。随着电力电子技术和控制技术的发展，大多数永磁同步电动机在应用中，可以不必进行磁场控制而只需进行电枢控制。这就需要设计时把永磁同步电动机、电力电子器件和控制三项技术结合起来。

5.起动问题

对于异步起动的永磁同步电动机，仍然存在起动电流大、起动转矩抖动的问题。异步起动的永磁同步电动机，起动电流是额定电流的十倍左右。如果功率较大时，对起动设备冲击较大，起动转矩抖动对负载不利。