水库淹没区库水位的抬升，改变了库区地下水的水动力条件。对于排泄于河谷处、区域型水文地质结构控制下的深部循环地下水，库水将驱动浅层地下水“入侵”其中。

受深大导水断裂和区域型汇水褶皱控制，深部地下水具有远源补给，循环深、径流时间长的特点，因此具备矿化度、温度高的特点，显示其特殊的水资源价值。天然条件下，河谷区淡水与深部地下水维持着一种平衡，为一动态变化的咸淡混合带，如图4.71所示。库水抬升后将大幅度提高浅层水水位，原始的混合平衡特征，如混合带位置、浓度都将重新分布（图4.72）。深部地下水淹没改变了其天然排泄方式，对依赖深部地下水带来的经济价值的周围居民，以及不能替代的人文景观都产生影响。

图4.71　天然条件河谷排泄区咸淡水流运动情况

图4.72　蓄水后河谷排泄区咸淡水流运动情况

藏东芒康盐井一带，深部盐卤水在澜沧江河谷区承压排泄，孕育出了独特的晒盐工艺，是古代制盐工艺的“活化石”。而因修建水电站、水库等，蓄水后使得该地区地表水水位大幅抬升淹没了热卤水的天然露头，驱使淡水“入侵”含水层，使得芒康古盐田面临着巨大挑战与生存危机。漆继红等对盐井盐卤水形成机理就恢复进行了研究；2015批准的国家自然科学基金项目《多源同汇地下水流系统水动力弥散混合特征砂槽模型研究》提出利用砂槽模型对河谷区多源地下水混合特征及演化进行模拟研究。

刘红运对江娅水库温泉的形成机理、温泉的水化学特征进行了分析，并提出库水淹没对其影响；而李忠等人则对怒江泸水电站对跃进温泉的危害进行了评述，但都没有对温泉淹没恢复利用的具体工作方式进行分析。王能峰等人从水文地球化学的角度对大岗山水电站坝址区大岗山温泉系统进行研究，其温泉系统受摩西断裂控制，水库蓄水将淹没部分温泉露头；曲孜卡断裂穿拟建古水电站低坝方案坝址区，断裂处曲孜卡泉自流排泄，温度可高达76℃；水库蓄水淹没温泉需要进行原地恢复。漆继红等（2008）对热水成因机制进行了初步探讨。