实施贸易便利化措施并非没有成本。事实上，对协定中各项条款的执行不仅需要在项目初期投入使用前进行资本支出，包括引进新的数据储存和处理系统、风险管理系统、单一窗口系统、办公设备、员工培训等，还需要在项目持续期内支付包括员工薪资、设备运营维护和员工技能定期更新培训项目等经常性支出。^[23]具体而言，各方(特别是发展中成员)在实施《协定》时需综合考虑以下六种成本。

(一) 诊断及重组成本

发展中国家对贸易便利化措施的诊断和识别没有任何经验，因此，如何根据协定识别贸易便利化改革的优先领域，并在此基础上量身定制详细的行动计划方案对发展中国家来说尤为困难。目前，WTO秘书处、相关国际组织(如OECD、世界海关组织、世界银行等)与专家已经着手与发展中国家的政府部门、管理层专家和学者联合进行需求评估。

(二) 监管成本

执行协定将促使发展中成员在评估现有监管框架的基础上制订新的法律法规，对现有法律进行修订并与国内立法及监管措施保持一致性，识别可能对相关使用者产生的潜在影响，这无疑对立法与政府监管部门提出了更高的能力与时间投入要求。根据各国国内立法结构、修改法律的程序和频率的不同，需要不同程度的法律与监管资源的投入，除重大的立法变化(如采用电子签名法)外，大多数与贸易便利化措施相关的监管措施的改变仅需较小的额外成本投入。目前，相关国际组织已为国内人力资源有限的发展中成员国提供技术援助与资金支持。

(三) 机构成本

执行协定将产生新的监管执行机构，如设立后续稽查小组、风险管理部门和咨询点等，均需额外的人力、物力、财力投入。除此之外，贸易便利化措施要求各边境口岸机构进行更高程度的协调与合作，力求海关监管机构之间的单证要求一致，从而大大增加了相关的协调成本。

(四) 培训成本

根据协定进行高水平的培训是改进边境监管机构贸易便利化作业模式的重要环节。由此，各国需要雇佣新的专业员工、培训现有员工、从其他相关监管机构抽调相关专业员工，并对其进行专业化的培训，从而增加巨大的预算成本。(www.daowen.com)

(五) 设备与基础设施成本

数据的收集与储藏、特定措施的风险评估、单一窗口等贸易便利化措施需信息通信技术与基础设施的有力支持以提高其运转效率，此类设施与配套设备需要大量的前期资本投入。

(六) 意识提升成本

大量发展中国家海关和其他政府机构的培训与能力建设活动需私人部门和工商界的利益相关者的广泛参与，后者对新型贸易便利化措施的认知、参与与执行程度直接关系到协定的实施效率。

根据Moise的研究估计，一国执行《协定》需初始投入资本总额为350万—1 900万欧元，随后每年将产生250万欧元的运营成本。不同贸易便利化措施的成本结构也不尽相同。例如，某些前期投资巨大的贸易便利化措施可能只面临负担较小的后期经常性支出，如各国建立“单一窗口”系统最初需投入300万—1 700万欧元，而随后每年的运营成本仅需3.3万—62.5万欧元；得益于国际贸易中标准国际化的发展趋势，某些贸易便利化措施改革(如单证类手续的简化与统一)仅需较低的投入成本即可取得极为显著的成效。^[24]

目前，贸易便利化措施前期购买设备、员工培训等初期投入的人力、物力、财力已基本由各国政府及国际组织逐步落实。自2005年起至今，IMF、OECD、世界银行等国际组织已投入共计约19亿美元用于援助发展中成员与最不发达成员的贸易便利化措施的改善。2007年至今，发达国家共捐助约2 400万美元用于援助发展中成员和最不发达成员的贸易便利化改善。2013年，用于简化、更新边境规章和程序的贸易便利化资金援助达6.7亿美元，与2002—2005年的平均援助额相比增长了8倍。其中非洲国家作为最大的受益方仅在2013年就获得2.68亿美元援助，是10年前的25倍。^[25]

除了实施成本外，执行《协定》还将面临一系列协调问题： (1) 与网络发布和在线咨询点相关的贸易便利化改善措施要求提供精确、可靠和及时的信息，这就要求信息发布部门具备极高的协调能力，同时要求相关部门提供前瞻性的信息。(2) 协定中某些贸易便利化措施的改善必须依赖于其他相关措施的先行改善，如对授权经营者的贸易便利化措施就依赖于风险管理系统和后续稽查的有效运转，因此不同贸易便利化措施改革的相互衔接与配合显得尤其重要。(3) 协定中程序性手续的改善要求海关与其他边境机构改变现有运转模式，相互让渡权利从而实现协调与统一，比如“单一窗口”制度就涉及不同政府机构实体，除了需要巨大的资金支出外，不同机构之间在理念上的差异及对现有运作模式的保留态度都将为它的实际顺利运作增加难题。