《协定》的达成经历了艰辛而曲折的历程。贸易便利化议题最早于1996年新加坡部长级会议上被列入世贸组织工作日程，与政府采购透明度、投资和竞争政策议题一并称为“新加坡议题”，它们均为超越世贸组织已有规则的重大新问题。但在谈判伊始，大部分发展中成员仅同意以渐进式非约束性条款的方式开启新议题谈判，对贸易便利化议题的谈判仅被纳入货物贸易理事会的谈判议程，并未成立专门的贸易便利化工作组。2001年11月WTO部长级会议决定启动“多哈发展回合”谈判，并将贸易便利化议题列入“多哈工作计划”。但随后由于发展中成员担忧执行新规则的能力与资源欠缺以及可能会面临新的争端解决诉讼，并质疑实施贸易便利化措施的双赢结果，从而导致谈判进展十分艰难，其直接结果就是新议题在2003年9月的WTO坎昆部长级会议上流产。

在经历了坎昆会议的挫折之后，2004年7月WTO总理事会通过了“多哈回合框架协议”(即“七月套案”)，其中明确以附件D“贸易便利化谈判模式”作为启动谈判的基础，该草案规定“贸易便利化谈判应加强技术援助和能力建设支持，充分考虑对发展中成员和最不发达国家的特殊和差别待遇。世贸组织成员方充分认识到特殊和差别待遇应超过传统的‘过渡期’等形式，将发展中成员和最不发达国家执行协定承诺的程度和时间应与其执行能力相关联”^[1]。此外，“七月套案”还规定最不发达国家“仅需执行与其国内发展、金融、贸易目标，及管理、制度水平相一致的承诺”^[2]。该草案极大地弥合了发达成员与发展中成员间的主要冲突，并获得以印度为首的广大发展中成员的支持。2004年10月，WTO贸易便利化谈判工作组成立，谈判正式启动。在各成员提案的基础上，《协定》文本草案于2009年12月形成。在其后的几年中，通过谈判组会议、专题磋商、双边磋商等多种形式逐步缩减分歧，并对文本草案进行简化和完善。2012年以后，成员方一致同意将贸易便利化议题作为多哈回合“早期收获”议题被优先予以推动。

2013年12月7日，在经过彻夜磋商后，历时4天半的WTO第九届部长级会议终于在印尼巴厘岛落下帷幕，会议最终达成多哈回合“早期收获”。《贸易便利化协定》作为“早期收获”的最核心组成部分，是世贸组织自1995年成立以来达成的首份多边贸易协定，也是多边贸易体制的首个“正向一体化”协定，为冰冻12年的多哈回合谈判注入了前进动力，也为处在低迷中的世界经济创造了新的增长来源，得到了参会各方的高度赞扬。根据巴厘岛协定，世贸组织全体成员一致约定贸易便利化委员会尽快就协定文本进行法律审查，在至少2/3成员通过国内审查后，协定则正式实施生效，从而使协定的修正文本纳入WTO协定的附件中。2017年2月22日，随着卢旺达、阿曼、乍得和约旦4个国家向世贸组织提交《协定》的批准文件，批准《协定》的成员已达112个，超过协定生效的法定门槛，《协定》正式生效并对已批准协定的成员正式实施。(www.daowen.com)

《协定》谈判过程一波三折，历经近20年才最终达成并生效，究其原因，主要有以下四个方面。(1) 虽然世贸组织成员在贸易便利化议题上与其他“新加坡议题”相比争议与分歧相对较小，但由于多哈回合谈判具有“一揽子承诺”的性质，它在很大程度上极易受到其他敏感议题陷入僵局的影响，多哈发展议程谈判多年停摆也降低了成员国达成协定的紧迫性与积极性。(2) 贸易便利化议题谈判涉及风险管理系统、“单一窗口”等专业技术，对人力资本提出了极高的专业能力要求。世贸组织及相关国际组织仅对参与谈判人员提供信息及技术培训，而实际上，谈判涉及的利益相关方却远远不止谈判人员。谈判时间的不断延长要求对新参与的谈判人员进行新的培训，同时产生的新兴技术也要求培训内容的不断更新。(3) 该协定是发达国家积极推动的国际贸易新规则协议，发展中成员虽然也能从中共享收益，但同时要求其客观评估执行协定的能力、所需各项必要支持、不履约可能面临的争端解决、获得发达国家提供所需援助的可信承诺等，此外它们还关注所获收益将如何在发达国家和发展中成员之间实现分配的公正性与合理性，这些问题无疑给谈判进程带来了许多挑战。(4) 大型新兴经济体在协定执行过程中本应起到积极的作用，在较短的过渡期内完善贸易便利化措施，并承担为其他发展中成员与最不发达国家提供能力建设援助和支持。但事实上，包括“金砖国家”在内的几乎所有先进新兴经济体均试图利用协定中的特殊与差别待遇延缓协定的执行。^[3]