应纳税所得额的计算按照财税[2000]91号文件及《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户、个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税[2008]65号）的有关规定执行。这里所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。财税[2000]91号文件规定，合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得。对于相关费用的处理则应当注意以下几点：

（1）工资的支付。投资者的工资不得在税前扣除，投资者兴办两个或两个以上企业的，其准予扣除的个人费用，由投资者选择在其中一个企业的生产经营所得中扣除；企业向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除。

（2）投资人生活费用的处理。投资者及其家庭发生的生活费用不允许在税前扣除。投资者及其家庭发生的生活费用与企业生产经营费用混合在一起，并且难以划分的，全部视为投资者个人及其家庭发生的生活费用，不允许在税前扣除。

（3）共用资产的税前扣除。企业生产经营和投资者及其家庭生活共用的固定资产，难以划分的，由主管税务机关根据企业的生产经营类型、规模等具体情况，核定准予在税前扣除的折旧费用的数额或比例。(www.daowen.com)

（4）企业相关费用的处理。企业计提的各种准备金不得扣除；企业拨缴的工会经费、发生的职工福利费和职工教育经费支出分别在工资、薪金总额2%、14%和2.5%的标准内据实扣除；企业每一纳税年度发生的广告费和业务宣传费用不超过当年销售（营业）收入15%的部分，可据实扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。企业每一纳税年度发生的与其生产经营业务直接相关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰。

上述政策除特别说明外，均从2008年1月1日起执行。另外，从2011年9月1日起对合伙企业投资者的生产经营所得依法计征个人所得税时，合伙企业投资者本人的费用扣除标准统一确定为42000元/年（3500元/月）。