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CS化学原料厂是一家由DY制药有限公司与某知名大学教授王某合作兴办的合伙制企业，其中DY制药有限公司出资1500万元，王教授出资50万元。该企业的生产和经营管理以DY制药有限公司为主，企业管理人员包括企业的财务负责人等都是DY制药有限公司委派的，王教授主要负责技术方面的控制和管理。双方商定经营成果按5∶5进行分配。

CS化学原料厂成立于2011年年初，主要从事医药原料的生产，其产品属于王教授的专利。该产品是治疗冠心病类药物的一种原料，其科技含量比较高，所以当年就取得了较好的经济效益。该企业2011年度实现利润1000万元。年底，企业按25%的税率计算纳税了企业所得税。企业当年取得750万元的净收益。

对于这个净收益，合作双方经过商量，决定将其中的250万元用于下一个年度企业发展再生产，剩余的500万元进行分配，王教授因此分得250万元的红利，在支付这笔红利时，CS化学原料厂又按20%的税率代扣代缴了个人所得税。

2012年6月6日，当地主管税务机关对CS化学原料厂的纳税情况进行了评估，发现该企业在处理王教授的个人所得税方面存在问题。于是建议其进行自查。(www.daowen.com)

CS化学原料厂的财务负责人张斌感到十分费解：他在利润分配过程中已经按照税法的规定代扣代缴了相关税收，在处理王教授的个人所得税方面还存在什么问题？合伙制企业的成本和费用应当如何处理？

对于合伙企业的所得税处理，国家先后出台了许多政策，其间的部分政策还发生了变化。在《财政部 国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）中明确规定，合伙企业是指依照《中华人民共和国合伙企业法》登记成立的合伙企业；依照《中华人民共和国私营企业暂行条例》登记成立的合伙性质的私营企业；依照《中华人民共和国律师法》登记成立的合伙制律师事务所；经政府有关部门依照法律法规批准成立的负无限责任和无限连带责任的其他个人独资、个人合伙性质的机构或组织。在2008年出台的《财政部

国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）中明确规定，合伙企业是指依照中国法律、行政法规成立的合伙企业。而在2006年8月28日修订的《中华人民共和国合伙企业法》中，规定合伙企业有三种形式：普通合伙，特殊的普通合伙以及有限合伙。并规定自然人、法人和其他组织可以成为合伙人，明确法人和其他组织享有合伙人资格。而在此之前，由于合伙人必须承担无限连带责任，作为承担有限责任的企业法人就不具备合伙人的资格。修订后的《合伙企业法》增加了有限合伙人，也就可以将法人纳入了其中。