连锁企业的商业组织形式决定了其会计核算不同于一般商品流通企业的会计核算。这种不同之处主要体现在如下三个方面：

（一）对集中采购和分散销售核算的要求

商品采购和商品销售分别是商业企业经营活动的起点和终点。与传统的商品流通企业不同，连锁企业的商品采购都集中在总部统一进行，而商品销售是通过数十、数百甚至数千家门店来实现的。为了实现总部采购和门店销售之间的连接，在连锁企业中往往需要一个配送中心，专门负责商品采购、储存、分拣、发送等工作。为了顺应连锁企业的这种经营方式，会计核算和财务管理上自然要解决如何集中总部采购所需巨额资金、如何对分散销售形成的现金流进行有效控制和管理、对营业费用实施分级监控等问题，做到既保证总部对门店的控制权又能充分调动各门店经营管理的积极性。连锁企业会计核算应该充分体现其经营特点和管理要求。

（二）对基层单位核算的要求

连锁企业一般由门店、配送中心、运输队和加工厂等各种不同类型的基层单位组成，其中门店是连锁企业基层单位的基本组成部分，各基层单位都是一个独立的经营单位，它们的经营作业是分散在全市、全国、甚至全世界的各个角落中进行的，对总部来讲，基层单位的作业具有很强的独立性和分散性。为了确保基层单位能够按照总部经营方针运转，基层单位的会计核算必须在总部集中统一领导下进行。连锁企业统一核算的主要内容包括：对采购货款进行支付结算、对销售货款进行结算、进行连锁企业的资金筹集与调配等。(www.daowen.com)

但是由于基层单位日常经营活动又是独立于总部自主进行的，总部要考核基层单位的经营业绩，充分调动基层单位的经营积极性，必须把基层单位作为一个独立的会计主体来看待，单独核算自身的经营成果，使各门店做到独立核算、自负盈亏，并将经营业绩与个人收入紧密结合在一起。从而在总部层面上真正实现销售最大化、损耗最小化的管理目标。

（三）对连锁企业会计核算制度的要求

不同类型的连锁企业因为经营特点、组织机构和商品流程等方面的不同，要有适合自身经营特点的企业内部会计制度。但目前关于连锁企业的会计核算制度还没有专门的规范，所以，为了明确总部和基层单位之间的核算关系，加强连锁企业的内部控制，总部应当在国家统一的企业会计准则和企业会计制度指导下，根据企业自身的具体情况制定统一的企业内部会计核算制度，在制度中应当明确规定连锁企业总部和基层单位在核算过程中使用的会计科目名称与编号、会计凭证在企业内部的传递程序、会计报表的内容和格式、各种不同类型会计信息的报送时间和报送要求，以及企业内部会计核算和监督方法，明确基层单位会计应予入账的会计事项，等等。