人们在进行生产与生活时无法脱离生产要素，而区域的生产要素禀赋是不同的，即生产要素在区域分布具有不均匀性，这就导致区域间生产要素禀赋存在绝对的优劣差别。而生产要素的移动与运输需要一定的成本，且某些生产要素具有较强的不可移动性（李景海，2011；胡志丁，2013）。

区域自然禀赋的优劣差异是形成经济集聚现象的重要因素之一，特别是在人类经济活动的早期，区域自然禀赋优劣是区域是否适合人类生产与生活的决定性因素，也是最早被经济理论学者观察到的原因（Ottaviano，2004）。这些成果集中体现在新古典经济学家对产业区位与集聚的经典研究中，其中最有代表性的是瑞典学派的Heckscher（1919）提出并由其学生Ohlin（1933）发展的要素禀赋差异理论（Factor Endowment Theory），又称H-O理论。要素禀赋差异理论的视角并不是从单纯的经济集聚展开的，在描述经济集聚时，同时涉及区域间的分工与贸易，并视为国际贸易的经典理论（李景海，2011）。但该理论提出的Factor Intensity（要素密集度）与Factor Endowment/Abundance（要素丰裕度）的概念在很大程度上指明区域生产要素禀赋的优劣对经济集聚的重要作用。

同样间接地指明自然资源对经济产出有重要性影响的还有Marx（1863）提出的极差地租理论。该理论将劳动者在资源禀赋较高的土地上（肥沃程度较高或位置较好）创造的超额利润定义为级差地租Ⅰ，将通过新设备、新技术等资本对土地原始禀赋进行改造获取的超额利润定义为级差地租Ⅱ。可以看出，虽然级差地租理论的出发点也不是经济集聚，但指出了土地资源的稀缺性与差异是产生级差地租的自然条件或基础，说明了自然资源差别特别是土地资源的差异会对生产收益产生影响的观点。另一方面，其通过对级差地租Ⅰ与级差地租Ⅱ获得原因的区分，指明了作为外生因素的区域原始自然资源禀赋与作为内生机制的各种资本的区别。

此外，还有众多经济学者认为在经济集聚的过程中，区域自然禀赋的优劣起了不可磨灭的作用。如Gruchy认为，在区域制度形成的过程中，包括地理、位置、面积、人口、资源和气候等自然环境因素产生了不可磨灭的作用。交易费用经济学和新产业组织理论创始人Williamson（1975）则在提出交易性质尺度中的资产专用性时，提到地理区位专用性。Ellison（1997）提出了自然优势（Nature Advantages）的概念，并认为自然资源具有地理分布的外生性，是解释经济集聚的重要因素。李小建（1999）认为，生产活动场所的确定取决于区位条件，其中原料、能源等就属于生产要素禀赋，劳动力、资本、运输、市场则具有一定的后天与内生性。还有一些学者，诸如徐康宁（2006）、钱学锋（2007）等也指出，各个地区的自然票赋差异与不均衡的状态在一定程度上限制或促进了各地经济的发展。(www.daowen.com)

经济学的发展重点致力于因素的内生化，研究视角从重视自然禀赋的新古典经济理论，逐渐向关注产业集聚的内在机制转变，如新地理经济、新贸易等理论。Krugman（1993）作为新地理经济理论、新贸易理论的奠基人，其在核心边缘模型中（C-P模型）指出，即使区域的自然禀赋是均匀的，依然可以形成产业集聚。但是，Krugman并不否认在产业集聚时自然禀赋的重要作用，他将自然禀赋称为“第一性质”（First Nature），如可航运的河流、便利的港口、运河等（Krugman，1993；Brakman，2005）。

与新地理经济学相对的是地理学者从经济地理理论而发展起来的新经济地理理论。与新地理经济理论相比，新经济地理理论更为重视真实的地理维度，关注大气、水、岩石、生物、土壤等地理要素组成的自然环境对经济活动的作用。与新地理经济学在研究中借助模型与数值分析进行演绎的方法不同，新经济地理学重视区域真实空间的地方化特性，采用从宏观层面到微观层面的区域调查与归纳方法（胡志丁，2013）。