由于自贸区的特殊监管区域身份，对区域内进出口货物实行特殊的税收政策，这与传统保税区的功能有一定相似性，但二者又不同。自贸区是主权国家和地区的关境内外划出特定区域，准许外国商品豁免关税自由进出，而受海关监管的可较长时间储商品的区域。保税区又称保税仓库区，是一国海关设置的或经海关批准注册、受海关监督和管理的可以较长时间存储商品的区域，是经国务院批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域。较二者可以看出，自贸区有更优惠的政策和更大的开放度。主要是贸易功能差异。保税区的功能相对单一，主要是起中转存放的作用，对周边经济带动作用有限；而自由贸易区一般是物流集散中心，加工贸易比较发达，对周边地区具有强大的辐射作用，能带动区域经济的发展。

2014年至2017年，全国保税港区的出口额逐年下降，2017年，全国保税港区外贸出口247.83亿美元，同比下降2.39％。针对传统保税区出口下降的问题，国家已经有步骤地对保税区改革向自贸区转型，发展方向大致是分阶段试点逐步逼近自由贸易区模式，如将未来有可能转型的保税区划出一部分区域设立保税物流园区，采取区港联动政策，而对其余部分则择机进行调整。原保税区在调整完成之后，如果具备了发展成为自由贸易区的条件，则将保税物流园区和保税区联结在一起，实行统一的政策，发展成为自由贸易区，即完成整个保税区向自由贸易区的转型。因此可以看出跨境电商在自贸区内比在保税区内进行更有可行性，长期上来看保税区将逐渐向自贸区功能转移。但基于现实条件，并未能对此结论做出量化评价。

自贸区内发展跨境电商与传统贸易相比，除了都可以享受自贸区的优惠政策外，由于跨境电商的特点，对传统外贸的企业类型、人才、产品等方面都产生重要影响。从企业类型上看，传统对外贸易的运营主体大多为专门贸易公司，而跨境电商的运营主体除了专门的贸易公司，还有部分直接进行跨境电商交易的生产型企业，对其而言，选择电商模式节省了中间环节的成本，对生产企业来说，跨境电商的进行使其有更大的利润空间，从而促进了对外贸易的发展，而对传统贸易将产生一定的抑制作用，甚至部分传统外贸企业直接转型为跨境电商，又对其产生了部分转移效应。

从人才方面看，从事跨境电商人员除了需要具备传统外贸的经验，还需要熟悉跨境电商平台的操作政策规则，跨境网站运营能力，跨境网站的推广营销能力，跨境物流和海外仓的熟悉程度，对于跨境支付知识的了解，对于国跨境电商的法律法规、跨境保税区的了解以及持续学习的能力。因此跨境电商所需人才的能力更加全面，对外贸易从业人员的结构层次明显上升。(www.daowen.com)

从贸易产品上看，我国传统外贸的特点是依靠大贸易量来降低产品价格，从而在国际市场站稳脚步，而跨境电商的小量、低价的特点对传统外贸的盈利模式造成巨大冲击，因此我国对外贸易的盈利模式将会改变，从低价优势向精品模式转移，贸易商品结构将得到改善。

以上分析可以看出自贸区发展跨境电商会对传统对外贸易的发展产生部分替代作用。