如上文所述，科技型企业在主要资源、资产结构、产品价值和风险收益等方面与其他类型企业不同，因此，其内部控制在技术、人才和资金等方面也有别于其他类型企业，具有自身的独特性。

（1）技术创新是企业的命脉

科技型企业的产品和服务以知识和信息为加工对象，专利技术及专有技术是科技型企业的核心竞争力，技术发明是科技型企业创立和持续成长的保证，离开了技术发明，科技型企业就失去了发展的动力。然而，技术创新活动需要根据国家政策环境及市场需求的变化而改变，并且技术创新需要经历较长的周期，其研发成败也具有很大的不确定性，因此，技术创新的管理活动也是科技型企业内部控制活动的主要内容。

（2）资金的有效控制(www.daowen.com)

科技型企业的资金运作流程有别于其他类型企业：首先，产品与技术研发周期长、研发风险大，这些特点决定了科技型企业必须有足够的风险投资及充足的流动资金保证研发活动的持续进行；其次，研发技术转化为经济利益的过程需要科技型企业投入足够的营销资金，要根据不同的市场环境提供产品与服务，以应对激烈的行业竞争；最后，科技型企业获得国家下拨的科研经费，应该由独立部门管理，专款专用，保证创新资金的充分利用。

（3）以人本管理为核心

科技型企业的特点是知识型员工集中、产品科技含量高，人才资源是科技型企业最主要的资源，因此，如何促进知识型员工的智力资源成果化是科技型企业需要重视的管理活动。在科技型企业的人本管理中，从企业战略到工作环境都要体现创新的企业文化，利用激励、培训和管理放权等方式，最大限度地激发知识型员工的创新思维。