新中国成立以后长期的海关工作实践中，形成了对传统的进出境货物、物品和运输工具进行监管的基本制度：申报、查验、征税、放行和结关五个环节。在实际工作中，这五个环节逐渐发展成为具有严格作业程序的工作制度。改革开放以后，海关主动适应开放型经济发展，及时调整工作重心，将监管工作重点放到监督货物的合法进出上来。

随着开放政策和外贸体制改革的深入发展，涉外经济活动单位和进出口货运量剧增，海关监管货运量成倍增长，监管资源相对不足的矛盾日益突出。为适应新形势的发展要求，20世纪80年代起，海关监管第一次改革逐步形成，主要内容是：突破专门依靠海关单一自身力量和局限于现场实际监管的旧模式，建立一套以促进为主，以把关、服务、宏观监控为中心，以海关管理为主与社会综合管理、企业自身管理相结合，加强前期管理，改进现场监管，完善后续管理，形成三位一体的海关监管新体系。海关监管第一次改革在20世纪80年代中、后期和90年代初期起到巨大作用。

90年代中期后，海关锐意改革创新，大力推行贸易便利化措施，陆续推出“两水两路”（两水是长江水路和珠江水路，两路是上海到南京，深圳到广州）快速通关、EDI无纸通关、“跨境快速通关”“属地申报、口岸验放”、分类通关等改革举措，大幅提升通关效率，产生良好的经济效益和社会效果。同时，海关以通关作业制度改革为突破口，全面推进与社会主义市场经济体制相适应、与对外开放相配套、与国际惯例相衔接的现代海关制度建设。逐步引入企业分类管理、稽查、风险管理等现代化管理理念和方法，使海关对货物的实际监管与对企业的风险评估、分类管理有机结合，切实贯彻“守法便利”原则，给予守法企业更多便利。在现代海关制度建设中结合海关的工作流程和特点，全面应用信息化技术。海关相继建成以通关管理系统（先后有H883版本、H2000版本）为核心的“电子海关”、以“电子底账+联网核查”为主要内容的“电子口岸”、以海关总署对全国业务监控和办公为主要内容的“电子总署”，并在业务现场广泛使用大型集装箱检查设备（H986）、电子地磅、全球定位系统（GPS）、闭路电视监控等设备。数字化、信息化海关初具规模。

此外，改革开放以后，随着对外交往交流频繁，旅游探亲、投资经商、学术文化交流等进出境旅客大幅增加，海关借鉴国际通行做法，对进出境人员实行“红绿通道”分类管理制度，采取“申报”和“无申报”通关模式，极大简化旅客通关手续，方便旅客进出境，为促进对外经贸文化交流发挥积极作用。在快递物品监管方面，针对快件业务迅速增长的态势，海关在北京、上海、广州、深圳等地陆续设立快件监管中心，开发集申报、分拣、查验、征税、放行、仓储于一体的快递物品通关管理系统，简化快件通关手续，提高快件通关效率，在推动中国快件物流业务的发展方面发挥积极作用。

1978年，上海海关几名普通关员以群众来信方式向党中央提出恢复关税单独计征、改革海关管理体制的建议。从1980年起，国务院取消了“文化大革命”期间对外贸公司进出口货物实行税利合并交库的办法，恢复单独计征关税，关税制度和征管队伍逐步恢复。此后，随着社会主义市场经济体制逐步确立，关税的调节功能和财政功能进一步强化，同时对国内基础薄弱的产业予以适度保护。

1980年至2000年，关税立法工作逐步完善，初步确立了一套与市场经济相适应、与国际通常做法相衔接的关税制度：一是采用国际通常做法：1985年，采用《海关合作理事会商品分类目录》；1986年，采用国际通用的原产地标准；1992年，采用《协调商品名称编码制度》，有条件地接受了《关于实施关税与贸易总协定第七条的协议》成交价格概念。二是调整国家税收优惠政策，促进国民经济的发展。1993年起，中国开始对税收优惠政策进行系统清理，税收优惠政策逐步从地区优惠为主转向以产业优惠为主并日益走向法制化和规范化。三是关税水平大幅度降低。根据国家关税政策，海关税则税率多次调整，特别是进入20世纪90年代，中国先后八次自主降税（其中四次较大幅度调整），关税总水平由1992年年底的43.2%降低到2001年年初的15.3%，总降税幅度近65%。这一时期，各地海关根据海关总署“依率计征、依法减免、严肃退补、科学归类、正确估价、及时入库”的征税方针，健全组织机构，加强人员培训，应用信息化管理系统完善管理，较好地完成了征税任务。

进入21世纪，随着社会主义市场经济体制不断完善，关税制度逐步与世界通行规则融为一体。一是海关税则制度由自主税则变为自主协定税则，并设最惠国税率、协定税率、特惠税率和普通税率4个基本栏目，国别政策日益复杂。二是自主原产地规则向自主协定原产地规则转化。为实施区域优惠贸易协定或贸易安排，中国先后与东盟国家和中国香港地区签署多个原产地协定，实行优惠原产地规则；非优惠原产地规则受世界贸易组织《原产地规则协议》约束，并不断完善。三是全面实施《世界贸易组织估价协定》，促进对外贸易发展。四是进口关税变为约束性关税，不断完善反倾销反补贴及保障措施关税，以及关税配额税率、暂定税率的运用。五是灵活运用出口暂定税率，不断加大对出口货物的调控力度。各地海关根据海关总署要求，以税收工作为“轴心”，依法征管、科学征管、综合治税，不断完善反瞒骗机制，税收征管由注重数量向注重质量转化。目前由于社会经济快速发展，内需不断扩大等原因而带来整体进口的不断增长，海关税收（包括关税和进口环节代征税）逐年高速增长，对中央财政收入的贡献始终保持在25%以上。(www.daowen.com)

1978年前，保税业务仅在中国个别地区开办。1978年改革开放后，海关开始保税监管的实践和探索。1983年起，国家鼓励外商投资的法律法规相继颁布，开展保税业务的外商投资企业大量增加，外商投资企业逐渐成为海关保税监管的主要对象。1987—1988年，国家实施沿海经济发展战略，保税业务快速发展，初成规模。海关与之相适应，逐步建立保税监管制度。1990年6月，国务院批准设立第一个具有出口加工、转口贸易和保税仓储功能的上海外高桥保税区。以此为起点，海关总署和相关海关努力探索封闭区域内的保税监管。2000年4月，国务院同意试办江苏昆山、上海松江等15个出口加工区，成功后推向全国。大批出口加工区的建立，实现了加工贸易从“放养”到“圈养”的转变，既规范加工贸易管理，又提升保税监管的效能。2003年2月起，国务院在部分保税区试办以“区港联动”为标志的保税物流园区，批准设立保税港区及其他海关特殊监管区，保税物流业务进一步拓展。2003年10月，中共十六届三中全会提出引导加工贸易转型升级的目标，海关创新理念，推进保税监管改革。2013年9月中国（上海）自由贸易实验区设立，对海关监管改革提出更高要求，海关正在探索新的监管制度和模式。面对改革开放后保税监管的艰巨性、复杂性，海关以有效监管和高效运作为宗旨，不断实践、探索、再实践，与时俱进，逐渐形成一套与中国国情基本适应的监管方式和管理制度，基本实现保税监管把关和服务的统一。

海关稽查（又称外部审计制度），是国家法定的行政管理行为，在管理思想上，实现海关由传统的单一对货物监管向以企业和货物监管并重的转变；在管理范围上，扩大海关监管的时间和空间，将海关管理延伸到企业内部和货物放行之后；在管理模式上，海关广泛应用风险分析、外部审计、贸易调查等现代化的管理方法和手段，以提高海关管理效能，促进企业守法自律。这些方法最早在德国、荷兰等西方发达国家推行，并已成为国际上普遍采用的现代化海关监管方式。从1994年开始，中国海关开始建立和推行海关稽查制度。对提高海关整体管理水平，促进税收增长，规范企业的进出口活动和企业的守法自律，打击和防范走私违法活动都起到积极的促进作用。

1998年7月全国打击走私工作会议召开后，党中央、国务院决定实行“联合缉私、统一处理、综合治理”的反走私斗争新体制，由海关负责组织、协调和管理查缉走私工作。1999年1月5日，中国第一支以缉私为主要职责的警察队伍正式成立。海关总署成立走私犯罪侦察局，广东分署和各直属海关成立走私犯罪侦查分局，负责该直属海关业务管辖区域内走私犯罪案件的侦查、拘留、执行逮捕和预审工作。侦查大队按实际工作需要设置。缉私警察队伍的建立，从体制上和海关执法权限上提高对走私犯罪活动的震慑力，根本转变对走私案件行政处罚多、刑事处罚软弱无力的状况。

改革开放后，海关统计工作的价值被重新认识，1980年恢复海关统计。从1981年起，海关统计数据正式成为中国对外公布的进出口贸易数据。1992年1月1日，海关总署以国际通用的《商品名称及编码协调制度》为基础，编制了《中华人民共和国海关统计商品目录》，把税则与统计目录的归类编码统一起来，规范了进出口商品的命名和归类，使海关统计进一步向国际惯例靠拢。2001年加入世界贸易组织以来，中国更加深入、广泛地参与全球经济一体化的进程，社会各界对外贸进出口运行态势和发展趋势日益关注，对进出口的动态信息需求也日趋宽泛与迫切。海关统计作为国家进出口贸易运行状况的真实记录与态势显示，在国家宏观经济调控、对外贸易管理和海关依法行政中的决策辅助和监测监督作用已更为突出。

除上述海关传统职能改革外，近年来海关知识产权保护、环境保护、反恐和维护国家安全等非传统职能方兴未艾，中国海关根据形势的需要而积极制定措施和大力实施，揭示了海关新的发展方向。