自新中国建立以来，海关机构根据1950年12月政务院的规划，主要设在沿海省市和一些边界孔道开放对外贸易的地方设关，内陆省区不设海关。这种格局几十年基本未变。1978年底全国共设海关机构85个，其中海关31个，分关18个，支关36个。1979年国家实施改革开放政策，工作重点转移到社会主义现代化建设上以来，中国的对外经济、贸易、科技、文化交流日趋频繁，原有的海关格局显然不能满足需要，海关机构设置和建设开始提到议事日程。

1985年全国海关关长会议正式提出了调整设关原则的议题。会议认为：在改革不断深化，开放不断向内地延伸的情况下，为适应对外开放和做好海关监管工作，必须对1950年确定的海关设关原则予以调整，在内地增设海关机构。调整后海关设关原则为：根据对外开放的需要，从有利于对外经济贸易和国际交往的开展，有利于海关的监督管理出发，在对外开放口岸和进出口业务比较集中的地点设立海关机构。同年2月，海关总署还下达了《关于统一海关机构名称和调整隶属关系的通知》，将原海关（关）、分关、支关等称谓统一改称为海关，并分为局、处、科级。其中局级及个别处级海关直属海关总署领导，称为直属海关，其余海关分别隶属这些直属海关。1985年调整后的设关原则在1987年7月1日施行的《中华人民共和国海关法》中以法律形式确定了下来。该法第三条规定：“国家在对外开放的口岸和海关监管业务集中的地点设立海关。海关的隶属关系，不受行政区划的限制。”2000年修订《海关法》时，上述设关原则再次以法律的形式予以确认。

法定的设关原则，既为海关管理从口岸向内地、进而向全关境的转化奠定了基础，同时巩固了海关系统集中统一的垂直领导体制。依据调整后的设关原则，海关总署按照“精简”和“效能”的原则，依据国家经济发展战略、对外开放层次和各地外贸的实际需要，科学规划海关机构建设和布局。当前海关机构设置不受行政区划限制，海关机构设置与所在地方政府层级并不一一对应，设关地的选择和管辖范围与地方行政层级也不统一。地方政府所在地往往选择区域中心，而海关设关地则完全考虑海关监管的需要。海关所在地位于某个市、县或镇，并不代表是这个市、县或镇的机构，而完全是出于海关业务和监管的需要。(www.daowen.com)

随着国家改革开放的不断深入和变化，1980年全国海关机构共有100个，1989年增至195个，2002年增至358个，2013年全国共有直属海关42个，隶属海关和办事处570余个。海关的设置从沿海、沿边口岸，深入扩大到内陆、沿江等海关业务集中的地点。当然各地海关的设立及其历史演变，受政治、经济、对外开放程度等因素影响，亦与地理环境密切相关。从地域分布看，以总关所在地位置划分，当前全国42个直属海关有沿海、沿江、沿边和内陆4种类型。沿海有17个直属海关，由北到南依次为大连、天津、青岛、上海、杭州、宁波、福州、厦门、汕头、广州、黄埔、深圳、江门、拱北、湛江、南宁、海口海关。这些海关地处经济发达的东部和东南部沿海地区，机构和人员规模较大，业务门类齐全，监管、征税、缉私、统计等各项主要业务在全国海关居主导地位。沿江有3个直属海关，分布在长江沿岸开放口岸，自下（游）而上（游）依次为南京海关、武汉海关、重庆海关。其监管对象主要是长江水运进出口货物。沿边有6个直属海关，沿陆路边境由东至西依次为哈尔滨海关、满洲里海关、呼和浩特海关、昆明海关、拉萨海关和乌鲁木齐海关，关区所在的黑龙江、内蒙古、云南、西藏和新疆5省（自治区），是中国与周边邻国开展边境贸易的主要通道。这些海关主要承担陆运进出境车辆、货物、物品的监管任务，铁路、公路、输变电路、油气管道甚至驮蓄等运输工具监管是其特有业务。因陆路边境口岸多处高寒、高山或风沙肆虐的偏远地区，自然环境恶劣，边关关员工作艰辛。内陆有16个直属海关，关区范围包括吉林、北京、陕西、四川、河南等16个省（自治区、直辖市），地域辽阔。内陆各关大多是属地型海关，仅在对外开放的航空港有现场通关，主要业务是保税货物和转关运输货物监管，由于关区范围大，运输线长，监管和缉私的时空跨度和难度较大。