1979年全国海关关长会议认为，随着全党工作重点的转移，海关工作的重点必须转移到为社会主义现代化建设的服务上。在总结正反两方面经验的基础上，国务院根据形势发展的需要，于1980年2月发布了《国务院关于改革海关管理体制的决定》，指出：“海关工作具有对外统一性和全国海关统一性的特点。为了充分发挥海关的监督管理职能，必须改革现行以地方为主的海关管理体制，加强集中统一领导。”“全国海关建制归中央统一管理，成立中华人民共和国海关总署作为国务院直属副部级机构，统一管理全国海关机构和人员编制、财务及其业务。”同时，关于各地海关的领导关系问题，规定“各地海关受所在省、市、自治区人民政府监督指导”。省、市、自治区人民政府监督指导当地海关的任务有三项，一是监督海关贯彻执行国家统一制定的方针、政策、法律、法令、规章；二是协调海关与当地有关部门的关系；三是指导当地反走私斗争的群众工作。各地海关不再由外贸局代管，并办理交接手续。上述法令纠正了自建立计划经济体制以来忽视和削弱海关职能的倾向，从块块为主、分散管理，转为集中统一垂直领导，为海关在改革开放的新形势下更好地发挥监督管理职能，提供了有力的组织保障。

1987年1月，全国人大常委会审议通过的《中华人民共和国海关法》第三条规定：“国务院设立海关总署，统一管理全国海关。国家在对外开放的口岸和海关监管业务集中的地点设立海关。海关的隶属关系，不受行政区划的限制。海关依法独立行使职权，向海关总署负责”，从而在法律上确立海关系统集中统一的垂直领导体系。1998年国务院机构改革时，海关总署升格为国务院正部级直属机构，统一领导全国海关及口岸管理工作。

按照集中统一的垂直领导体制规定，当前海关从中央到地方实行海关总署—直属海关—隶属海关三级行政管理体系。2000年修订的《中华人民共和国海关法》，从法律上确立了海关的垂直领导组织体系。海关总署是全国海关的最高领导机关，研究拟订和实施全国海关工作方针、政策、法律、法规和发展规划，负有监管、征税、缉私、统计及口岸规划等职能。直属海关直接由海关总署领导，负责管理一定区域范围内的海关业务。隶属海关由直属海关领导，负责办理具体海关业务，是海关进出境监督管理职能的基本执行单位。另外，直属海关或隶属海关还设有派出机构办事处，但它们不是一级海关行政组织，其职权和业务范围由派出单位确定并管辖。各级海关依法履行职责，与所在地政府及其职能管理部门没有从属、支配关系。各级海关按照海关法和国家有关法律、法规，在国家赋予的职权范围内自主地、全面地行使海关监督管理权，不受地方政府和有关部门的干预。此外，为加强对各地海关领导班子和干部队伍的监督管理，海关总署于1980年在广州设立广东分署，2002年1月和7月分别在天津、上海设立特派员办事处。以上三个作为派出办事机构，均不办理具体海关业务。(www.daowen.com)

新中国海关建设六十余年的正反实践表明，海关职能作用的发挥及海关的自身建设，与管理体制直接相关。在新中国海关初创时期的三年期间以及1980年《国务院关于改革海关管理体制的决定》下达以来，海关实行集中的垂直领导体制，有力地保证了海关工作对内对外两方面的统一和海关监督管理职能的充分行使，同时也促进了海关各项建设的发展。