为统制贸易，1950年起实行进出口许可证制度。但因许可证由对外贸易部下辖的对外贸易管理局颁发，海关在货物监管中经常出现报关单审核与许可证不一致，海关与外贸管理工作脱节的现象。为密切海关和对外贸易管理局的合作，时任海关署长的孔原建议在组织上实行“关局合并”，实施报关单与许可证合一的监管制度，签发许可证、审查价格等管理职能，由关局合并后的各地海关主管。1953年1月9日，政务院作出《中央人民政府政务院关于海关与对外贸易管理机关实行合并的决定》，将中央人民政府海关总署划归中央人民政府对外贸易部领导，与对外贸易部对外贸易管理总局合并组成中央人民政府对外贸易部海关总署，各口岸对外贸易管理局及其分支机构也与当地海关合并，统称海关。这就是习惯上所称的“关局合并”。关局合并后，各地海关组织建制属中央，直属对外贸易部海关总署，同时受海关所在地大行政区或省、市财政经济委员会监督指导。

在中外海关史上，由外贸部门管理海关是绝无仅有的。事实上“关局合并”决策仓促，缺乏合理论证，违背了组织专业化分工的客观规律，造成诸多负面影响。譬如关局合并后，在行政关系上是对外贸易部领导海关，但外贸部门的进出口货物则是由海关监督管理，这样，造成管理对象和被管理对象的交叉和混淆，管理目标难以实现，特别是在发生利益矛盾时就更难处理。当时输往港澳的鲜活货物有配额管理，在超配额的情况下，海关一般不予放行。但外贸局往往考虑外贸公司的经济损失，指示“特案放行”。所以，非法进出口管不住，堵不死，擅自减免税以及查获走私物品不按章处理变卖的事情不断发生。

1953年海关总署划归中央人民政府对外贸易部领导后，仍按《暂行海关法》和《对外贸易管理暂行条例》的规定，领导与管理全国海关及其业务，各地海关建制仍直属于中央人民政府对外贸易部海关总署，其机构的变更、设立和撤销均由海关总署依《暂行海关法》的规定，请示当地行政委员会后，报请中央人民政府对外贸易部办理。1955年9月5日，国务院发布命令再次调整各地海关的领导关系：地方海关受对外贸易部和所在地的省或直辖市人民委员会双重领导（个别离省人民委员会较远的地方海关由行署执行双重领导），并受该省（市）对外贸易局的指导，但建制仍属中央。

1956年5月12日，第一届全国人大常委会通过《关于调整国务院所属组织机构的决议》，以中央向地方政府下放权力为主要内容，通过国务院精简所属工作部门，下放权力，以达到扩大地方自主权的目的。从1958年起对外贸易部即酝酿将各地海关建制下放至各省、直辖市、自治区人民委员会管理，至1960年11月，经对外贸易部上报国务院批准，各地海关体制下放各省、市、自治区管理，受地方党政和对外贸易部双重领导，以地方为主，成为各地对外贸易局的组成部分。

各地海关体制下放后，1961年5月15日，经国务院批准，对外贸易部海关总署正式更名为对外贸易部海关管理局。按照中央集权和地方分权的原则，对外贸易部指定由海关管理局负责研究制定全国性的工作方针、政策法规和业务规章制度；指导各地海关查验技术与经验的总结和推广；检查各地海关执行中央方针政策、法令、制度的情况；协调各地海关之间的联系配合。地方党政机关负责指导当地海关贯彻执行中央统一的方针、政策、法令、制度，提出适合地方性质的具体措施，并且根据因地制宜的原则，制订地方性的海关业务制度、办法和不牵涉对外的内部作业程序，处理地方性、临时紧急性的问题。海关体制下放后，各地海关在工作实践中陆续反映领导关系不明确、行政经费与编制无法保障、需要全国统一对外的政策存在执行不统一等问题。(www.daowen.com)

“文化大革命”期间，对外贸易部海关管理局几度被精简缩编，各地海关机构亦遭破坏，机构编制被层层下放，各自为政，海关的国家统一的进出口监督管理职能被削弱。1968年11月21日，取消海关管理局建制，海关与商检部门合并成立外贸部第三业务组，后又改称第四业务组。为恢复国家外贸管理机构的正常工作秩序，1970年12月，对外贸易部报请国务院批准，将海关及商检部门由第四业务组改为了海关商检局。这段时间，只有少量人员维持海关、商检领导部门的工作，组内和局内未再设置处级职能机构。1971年，由于中华人民共和国恢复了在联合国的合法地位，特别是1972年2月美国总统尼克松访华，美国等西方国家对中国的全面封锁开始解冻，中国对外贸易逐步恢复增长。为加强管理工作，1973年2月26日，对外贸易部报请国务院批准恢复海关管理局建制，负责全国海关的指导工作。下设四个处：综合处、货管征税处、行邮处、查私处。此海关管理局及内设机构的建制一直沿用到1980年。“文革”开始后，各地、各级海关或被夺权，或被接管，或被下放领导权，如南宁关下属凭祥关被层层下放后成为凭祥外运公司海关科，更有地方“革命委员会”随意设立或撤销海关建制。20世纪70年代初期，随着国家对外贸易逐步恢复增长，根据1973年2月15日国务院发出《国务院关于口岸工作的情况和改进意见》精神，各地海关机构逐步恢复。

新中国成立初期，海关人事以解放区来的干部为骨干，吸收旧中国海关的工作人员和择优录用青年学生而组建起人民海关队伍。1950年确定海关人事编制为4 571人。经关局合并和精简机构，1954年底缩减为3 435人。其后，海关人员仍逐年减少，1959年底全国海关仅有2 091人。60年代初期，海关吸收一批青年人员，人数略有增加，1965年，全国海关共有2 993人。十年“文化大革命”期间，海关各级系统受到冲击，外贸部海关商检局只剩下8人守摊。海关本为具有全国一致对外性的整个国家行政机构，不是区域性的地方政府的组成部门，海关管理体制必须具有高度的统一集中性。海关总署降格为对外贸易部的一个职能机构，各地海关体制又下放地方管理，使海关管理权限受到约束，集中统一受到破坏，影响了国家有关方针、政策和法令的统一执行，影响统一对外。改革开放后，1980年2月国务院决定改革海关管理体制，将全国海关建制收归中央，恢复成立海关总署，直属国务院，统一管理全国海关及其业务。

从1953至1978年的二十五年间，海关管理体制纵的方面经历了从中央到地方又回归中央的过程，横的与对外贸易部、局的关系也经历了由并列到隶属又恢复并列的变化。实践证明，海关管理体制下放是不利于海关工作对外统一性和全国统一性，其结果必然削弱海关的监督管理职能。海关是进出口监督管理机关，不能与外贸企业同隶属一个领导机构，它必须保持自身的独立性，依照国家有关政策、法令，充分运用国家赋予的职权，在其监管领域内加强对一切从事对外经贸企业的监督和管理。