中日甲午战争之前，不断扩设的海关及大幅度增加的关税，为清政府开办洋务活动提供了重要支持。甲午战争之后，上述情况发生了重要变化：首先，数额巨大的赔款和多次政治性借款，都以关税为抵押，清政府难以从海关中取得关税收入。其次，总税务司和各关税务司，因为在全国城乡开办邮政和接管通商口岸五十里内的常关，损害了地方官绅的既得利益，从而加剧了他们之间的矛盾。再者，洋务运动的失败，民族危机的空前严重，资产阶级维新派、革命派和爱国华侨、留学生的救亡运动，“八国联军”的入侵，以及人民群众的反帝斗争，都大大地促进了民族的觉醒。

这些变化，自然影响到清政府一些上层统治人物，如户部尚书铁良、外务部侍郎唐绍仪和地方实力派张之洞等。这些人在清政府中形成一股反对外籍税务司把持海关的新势力，并采取了一些削弱海关权力的措施，包括：1903年成立商部，由载振任尚书，接管了原由海关代办的商标注册、国际博览会等业务。1906年成立邮传部，并于1911年接管了原由海关代办的邮政。和海关权力关系更直接的是1906年成立税务处，代替外务部（在它之前是总理各国事务衙门）管辖海关总税务司署和各地海关。接着，1908年又成立了以培养海关华员为目的的税务学堂（即后来的税务专门学校），海关控制的同文馆也于1902年移交京师大学堂（改称译学馆），并于1909年停办。(www.daowen.com)

这些措施在一定程度上削弱了长期由外人控制的海关的权力，带有某些积极意义。但是因为这些机构的设立和海关隶属关系的改变，都是清政府在《辛丑条约》之后为维护反动统治和适应列强需要而推行“新政”的组成部分，因而在遭到西方国家强烈的抗议或抵制之后，它那十分有限的民族主义色彩就更加暗淡，海关的半殖民地性质自然不可能改变。