抗日战争爆发后，日伪以沦陷区为据点，以多种非法手段进行走私活动。面对日伪走私，海关无力应付。战前装备齐整、规模可观的海关缉私舰艇，先后被日军击沉、击伤和劫持，到战争结束时，仅收回巡缉舰四艘及少数巡缉艇。战前设立于南京的防止陆运走私总稽查处，先迁于汉口，又移到长沙，最后于1938年10月关闭。海关仅能在海关关卡对出入国统区的日货及粮食、医药、钢铁等战时需要物品进行检查工作。1940年，国民政府财政部在广东、广西、湘鄂、苏皖赣、闽浙、冀鲁豫、晋陕、甘宁绥等八处设立战区货运稽查处，以防日伪走私。后为改变这种检查工作的混乱状态，国民政府决定实行《统一缉私办法》及《全国水陆交通统一检查条例》，稽查处业务全部移交海关。1942年6月，重庆国民政府财政部为集中缉私力量，增进缉私效能，又公布《财政部缉私署组织法》，另行组织缉私科，统管查私工作。缉私科曾颁发过一些条例、文件，但并未能有效制止走私活动。

抗战胜利后，日本的大规模武装走私不复存在，广州湾已经收回，来自越南的走私也大为减少，唯有香港和澳门，因毗连国境，走私活动一如往昔，尤以香港为甚。同时，抗战后仍实行贸易管制，章则极度繁琐，促使违法输出入增多。党政军人走私，也成为社会普遍风气。

战后海关缉私部门，曾向美国海军购置二十一艘巡缉舰及一百余艘汽艇，接受了财政部缉私署的税警部队，又招募组成了一千七百多人的武装关警部队，协助海关人员查禁走私活动。海关的缉私目标主要集中在东南沿海一带。为制止以香港、澳门为基地的走私活动，国民政府与港澳当局签署了“中港关务协定”和“中澳关务协定”，分别于1948年11月1日和1948年6月28日生效。但因双方当局利害不同，加上协定生效时日不久国民政府就垮台了，所以并没产生什么实效。对内地十分猖獗的武装走私，国民政府于1948年3月11日曾公布《惩治走私条例》，规定走私和武装拒捕将以触犯刑法治罪，最重者将处以死刑，但实际上并未能制止走私，帮助国民政府稳定经济秩序。(www.daowen.com)

当然一国的走私问题，与国家的政治、经济和军事荣衰密切相关，有时非海关可以独力左右。当海关自感力量不足应付时，1947年1月还曾一度向军事当局申请宪兵协助在粤海、九龙、拱北、江门四关执行缉私任务。宪兵配属海关缉私，固然不无成效，但他们五步一检，十步一查，结果扰民更甚。