各地新关设立前，进出口货物由清政府设立在中国沿海的闽、粤、江、浙四海关以及设立在沿江、沿运河、沿边的户（部）关、工（部）关监管。自咸丰九年（1859年）外籍税务司制度在各通商口岸推行后，中国海关逐步形成两大货物监管部门：海关监督或各地方官吏管辖下的常关，负责对华商民船所载货物实行监管并征收常关关税；总税务司署管辖下的新关则对进出通商口岸的货物实行监管并办理对外贸易关税的征收。

19世纪50年代末，随着子口税制度的建立和沿岸贸易税的开征，海关对货物的监管范围由进出中国国境的外洋贸易货物，逐步扩大到往来中国通商口岸的沿岸贸易货物和往来内地与通商口岸的内地贸易货物。海关按政府间签订的条约、章程，在沿海、沿江、沿边通商口岸建立起划一的货物申报、验估、放行制度，并实行利于洋商的存票制度、派司制度、免重征制度等，形成中国近代海关对进出口货物的基本监管制度。光绪二十七年（1901年），总税务司署接管通商口岸五十里内常关，通商口岸各常关征收常税及货物监管事宜也一并改归新关税务司兼办。

民国初期，海关对货物的监管仍沿袭晚清旧制，直至20世纪20年代，由于《修改通商进口税制善后章程》的签订以及新修正税率表的公布，海关对货物监管规定作了部分调整，包括对进口洋货实行预先查验以及要求进口商提供货物原产地证明书等，以加强对进口洋货的监管。与此同时，机制仿洋式货物开始出现，海关采取审核商标及加印产品牌号的监管方式，加强对货物的出口监管。

20世纪30年代初，通商口岸五十里内外常关被裁撤，常税征收及货物监管统归海关接管。自1931年起，南京国民政府实行关制改革，裁撤子口税及土货复进口半税，取消洋货存票制度，并先后颁布四部《国定进口税则》，洋货进口税率逐渐提高。总税务司梅乐和令各关重拟验估课工作程序，重订货物监管办法，包括对进境洋货实行中国驻外领事签证货单制、对进出境货物实行商品检验制、对土货出口退关实行验核制等，对往来通商口岸洋货施行特别凭单办法等，货物监管制度日趋完善。(www.daowen.com)

抗日战争期间，由于货物的进出口改依国界或封锁线（敌区与封锁区交界处）划分，总税务司署实行战时措施，对运自或运往沦陷区的货物实行特许证管理，对中国国内亟须进口的洋货采取简化手续的办法，所有奢侈品则一概禁止进口。抗日战争胜利后，中国对外贸易进出境管理以沿海及边境要隘为重点。自1946年起，海关除继续实行领事签证货单制度外，还执行进出口货物许可证制度和外汇承购证明书制度，并奉令取消外籍船只的沿岸贸易特权等。由于战后进入中国的货物多为联合国善后救济总署输入的善后救济物资、行政院物资供应局输入的美国剩余物资、日本赔偿及归还物资，总税务司署为此发布战后海关工作要领，要求各关对上述物资的进口，力求简化、便利。另外，由于战后中国经济一直处于恢复期，国民政府为鼓励出口，规定除部分禁止出口的货品外，其他均可自由输出。

中国近代海关在对进出口货物实行监管的同时，对经海关批准注册的保税关栈、报关行等事务也进行监管。19世纪60年代，随着新关的开设，专职报关行在各通商口岸随之出现。总税务司赫德参照英美两国惯例，于同治十二年（1873年）制定报关行管理办法，通令各关对报关行的注册登记及报关事务进行管理。光绪十三年（1887年），总税务司署批准在上海设立保税关栈，准予进口洋货入栈后暂缓付税。海关对关栈的设立及进出关栈的货物进行管理。

中国近代海关还依据晚清和民国政府制订的贸易管制政策，在不同历史时期，对鸦片、军火等违禁品以及货币、谷类、动植物、矿物、古物以及棉、盐、糖等货品实行进出口禁限管制。1949年5月27日上海解放，上海军事管制委员会接管总税务司署上海办事处，中国近代海关货物监管制度被新中国海关货运监管制度逐步取代。