近代海关监管，包括运输工具、进出货物和行邮物品三类。自19世纪40年代起至1949年中华人民共和国成立的百余年间，船舶运输始终是中国连贯东西、沟通南北的主要运输方式，因此中国近代海关对运输工具的监管以船舶为主。

道光二十年（1840年）第一次鸦片战争前，中国的水上运输主要依赖帆船、划船等木制民船。经过两次鸦片战争，清政府被迫与西方各国签订条约开放通商口岸，外国商船（包括轮船）纷纷涌入中国各通商口岸开展贸易。咸丰八年（1858年）中英《天津条约》签订后，一批以税务司制度为管理方式的新关（洋关）相继在各通商口岸设立，专门负责对从事贸易的外籍商船进行监管。清政府原设的各地海关机构则改称常关，承担对国内民船的监管事务。同治十一年（1873年），轮船招商局在上海成立，中国轮船开始从事航运并被纳入新关的管辖范围。

光绪四年（1878年），总税务司署制定《海关总章程》颁行全国各海关，统一各关对船舶监管的做法，确立进出口申报、挂号领照、船舶检查及货物查验、停泊及装卸货物监管、缴纳船钞等基本制度。各关结合口岸情况，根据《海关总章程》的规定制订或修订口岸关章，对进出口船舶及其所载货物进行监管。除对来往港、澳与珠江三角洲地区的船舶制订有特殊的管理办法外，各关还分别依据清政府与各国签订的《长江通商章程》《西江通商章程》《内港行轮章程》等贸易章程，对从事贸易的中外进出口船舶进行监管。自光绪二十七年（1901年）起，通商口岸五十里内常关改归海关税务司兼管，通商口岸五十里内常关管理民船办法由税务司制订，国内民船管理事务仍由常关负责办理。

南京国民政府成立后改革关制，颁布一系列法律法规，规范海关对各类船舶的监管方法。1931年国民政府颁布《船只进口及呈验各项单照规则》及《海关管理航海民船航运章程》，原由常关负责管理的国内民船也改由海关监管。1932年，总税务司署制订《海关华轮结关呈请书及行程簿办法》。1943年，国民政府与英美等国签订新约，取消外国船舶在中国的沿海贸易权（即国内贸易权）及内河航行权，重定通商口岸。外国船舶只准开展进出境贸易，不得从事国内贸易，除游船、非商业营运的小轮船及在口岸内运营的拖轮、驳船外，一律禁止在中国内河航行并由海关实施监管。(www.daowen.com)

除船舶外，近代海关也对列车进行监管。20世纪初，中国相继建成连通中国与境外的铁路。总税务司署依据清政府与各国签订的铁路运输协定或章程，指令各关对进出境列车及其所载客货制订专章实施监管。另外，出于对各类进出口货物征税的需求，海关亦对进出国内特定区域的国内列车，以及国内列车往来各通商口岸载运进出口货物进行监管。自1931年起，洋货子口税及土货复进口半税制度被废止，海关即改为对国内列车往来各通商口岸载运进出口转运（包括转口）货物实施监管，但保留对载运其他货物的国内列车进行检查的权利。1948年，总税务司署下发《海关检查铁路客货办法》，指令各关对铁路列车及其所载客货施行必要的检查。

中国陆路边境口岸进出境货物除列车外，主要依赖民船、汽车、驮畜和人力等运输工具载运，各边关亦将此类运输工具纳入海关的监管范围。1935年，总税务司署颁布施行《海关管理往来经过中国边界及在边界以内附近地方行驶汽车章程》。飞机参与进出口货运后，海关根据1932年总税务司署颁布的《海关管理航空邮运规则》，以及1940年国民政府财政部颁布的《海关查验航空运输客货办法》，对进出境与国内商业运营飞机及其所载客货进行监管。抗日战争期间，汽车、飞机等运输工具在中国大后方物资运输中发挥了重要作用，海关的监管工作也随之加强。抗战胜利后，各地海关主要在进出境口岸承担对进出境运输工具的监管职责，而对国内运输的监管有所弱化。一些海关原设在内地的分卡、分所经过裁撤，仅保留主要分卡负责办理监管手续。