各关办事机构称税务司署，也称为税务司公署，为总税务司署的派出机关。早期没有完整的办事机构，仅配备有税务司、副税务司、帮办写字、钤字手、通事、书办、差役、水手等办事人员。从光绪元年（1875年）起，总税务司署将设在各口海关税务司署的征税部门划分为内班、外班和海班，其中附设有华属。另外，部分较大口岸的海关还设有理船厅（属船钞部门），一些未设理船厅的口岸海关则根据实际需求由头等总巡（外班首领）承担理船厅工作。各口海关仍未设有实质机构，部门划分只是人员职位分类。

19世纪70年代末，部分海关的税务司署开始设置机构，如厦门关税务司署内设有大公事房、账房、总结房、洋文文案房、汉文文案等机构。

1915年，北洋政府对各海关的机构设置作出规定：各地海关一般设总务、秘书、会计、统计、监查、验查6个机构。前4个机构为内班，以洋员帮办为首领；后2个机构为外班，以总巡（洋员）为首领。各关除税务司及副税务司外，其内班各机构还设有洋帮办、供事、文案、司书、录事等职位；外班机构设有总巡（兼司理船厅）、验估、洋钤字手、华人钤字手、巡役、称秤手、听差、门役、更夫、水夫、木匠、杂役等职位。

1917年，在总税务司署的统一管理下，各税务司署机构设置逐渐完善。因各关业务量大小不同，组织机构设置亦有所不同。以江海关为例，江海关地处上海，是中外通商枢纽，货物进出口量大，处理事务较多，因此江海关税务司署机构设置大写台、验单台、进口台、内地单台、结关台、出口台、存票台、管洋药暨关栈事务所、派司台、发存票处、码头捐台等11个部门，而地处长江沿岸的江汉关税务司署机构设置则较为简单，只内设公事房、管理洋药发存票处、贸易总册处、账房和茶叶台5个部门。

1917年厦门关税务司署内设机构表(www.daowen.com)

（续表）

1928年，总税务司署统一规定各海关税务司署内部将原来以房、台为分属单位的一律改设课，各关分设4课至7课不等。各关税务部门共分4课，即总务课、秘书课、会计课、验估课。而各关的稽查督察工作则由外班稽查员担任，监察长（原外班总巡）为总负责人。各关的港务管理事项，由各关的港务长（原理船厅）督率其所属人员负责处理，各关港务长大多由监察长兼任。

1948年，总税务司署奉关务署令，发布通令调整江海关课、股名称，要求各关就原有组织机构，参照江海关作调整，将文书课改称秘书课，监察课改称稽查课。调整后江海关内部组织分为7课，即总务课、秘书课、会计课、验估课、缉私课、稽查课及港务课。此后直至1949年中华人民共和国成立前，各口岸海关税务司署机构设置没有大的变化。