20世纪10至30年代，中国的通商口岸及其他商船、商人往来贸易的地方，在沿海、沿江以至内陆边境都逐步开放。先后设立瑷珲（1921年）、延吉（1924年）、雷州（1936年）等海关。自1931年1月1日起，民国政府通令裁撤通商口岸五十里外常关，同年6月1日起裁撤五十里内常关。因常关兼征直接进口的洋土货税项，常关裁撤后，为避免漏税，即改设海关分卡。经裁并、添加或转移管辖权的调整，全国海关及其所属分关分卡均有所变化。据30年代初的记载，全国共有海关49处，其关名及所在地，详见下表。

（续表）

1931年“九·一八”事变后，日本侵占东北，东北海关如瑷珲、滨江、延吉、安东、山海、大连等，尽为日本假借伪满洲国名义劫夺，仿效日本海关更名为“税关”。1932年9月，南京国民政府被迫宣布东北各关一律暂行关闭。

此外，由于国民党内部派系的矛盾斗争，该时期海关也接连遭遇分裂的重大危机，总税务司则竭力维护海关“完整性”。如1929年5月6日，阎锡山军事集团劫夺津海关，使向来统一的海关陷于分裂的危机。该事件最后随着东北军易帜，进入天津而解决。1931年5月，汪精卫、孙科、陈友仁等与粤、桂的陈济棠等纠合在一起，宣布另立广州国民政府，截留两广新增关税。后来因“九·一八”事变，国难当头，宁粤重新合作，两广海关也随之恢复原状。1933年11月20日，以陈铭枢、蒋光鼐、蔡廷锴为首的国民党第19军在福州发生闽变，成立抗日反蒋的“中华共和国人民革命政府”，提出接管福州、厦门、三都澳三海关，海关行政再一次面临分裂危机，1934年1月，随着福建人民革命政府的溃败，海关恢复原状。在上面三次海关分裂的危机中，总税务司梅乐和为了维护英国对中国海关的全面统制，为了维护西方国家的债赔利益，决定走自己的路线，自行和地方势力进行谈判，以妥协换取让步。梅乐和一再申说：他任职时绝对服从政府命令。在诸如海关分裂问题上，他却完全不理会上司——南京国民政府财政部的命令，而自行其是，南京国民政府因总税务司尾大不掉也无可奈何。(www.daowen.com)

1937年7月，日本发动全面侵华战争。1938年英日签署了关于中国海关问题的非法协定，中国海关出现沦陷区海关与国统区海关并存的局面。1941年12月太平洋战争爆发后，汪伪“总税务署”成立，沦陷区海关全面改组，先后设立秦皇岛、津海（北平分关）、江海、东海（龙口、威海卫分关）、胶海、厦门、潮海、琼海、粤海（江门分关）等关，另设蚌埠、江汉、安庆、苏州、杭州五个转口税局，以及海关转口税征收所南京总所和海关转口税宁波征收所。同时，国民政府在重庆重建海关总税务司署，蒙自、腾越两关合并为昆明关，原万县分关升为万县关，增设西安、上饶、兰州等关。至1942年底，全国计有重庆、万县、沙市、洛阳、西安、兰州、昆明、梧州、南宁、龙州、雷州、曲江、拱北、长沙、上饶、瓯海、闽海等17个海关，绥远等3个分关。1944年副总税务司丁贵堂又奉令在迪化（今乌鲁木齐）设立新疆关，并设伊犁、喀什、乌什和塔城4个分关。

1945年8月抗战胜利后，总税务司首先以全国海关复归统一，遴选高级关员分赴各地接收原有海关，计自东北的沈阳、长春、安东、营口，沿海而南，以迄广东的北海、琼州，广西的龙州，长江的汉口、南京等，其中以接收台湾的台北、台南关意义为大。其次，抗战胜利后，对外贸易应以沿海各大海口及边境要隘为重点，关务署乃令总税务司署将内地各关，如西安、兰州等关以及长江各海关，如万县、宜昌、沙市、长沙、岳州、九江、芜湖等，以及广西的梧州关、南宁关，一律裁撤，使海关得注全力于沿海、沿边各地的对外贸易。至1949年10月，全国共有津海、东海、胶海、重庆、江汉、金陵、江海、瓯海、闽海、厦门、台南、台北、潮海、粤海、九龙、拱北、江门、雷州、北海、龙州、昆明、腾冲、新疆23个海关，114个分支关所。