在长期的海关历史研究中，尽管取得了比较丰富的成果，厘清了许多历史问题，但是也存在明显的缺陷：一是主要停留在史实的梳理和现象的描述，很少对海关的存在根据作深入的探讨；由此，也就造成第二个缺陷，就是海关历史的时段划分主要还是以政治史研究的时段划分为依据，分为奴隶社会海关、封建社会海关、资本主义社会海关、社会主义社会海关，在此前提下探讨海关在不同历史阶段的地位和作用，而不是根据海关自身发展特征来划分海关发展的历史阶段；第三，受到对近代海关职能的认识的影响，对历史上海关的认识主要是考察其作为一个国家职能机构的经济功能，而对海关其他功能的研究分析非常有限。归结为一点，也就是海关史还没有成为真正的相对独立的专门史，由此造成的直接后果就是，并没有通过史的研究探讨并发现海关发展的一般规律。

那么，如何通过史的研究来发现海关的本质和一般规律呢？笔者觉得，首先必须对不同时期海关设立的目的进行深入的思考和分析，从而发现海关存在的必然性。同时，必须从海关的本质，在长时段、宽域界的历史观指导下，对海关历史进行全方位、立体化的探讨。(www.daowen.com)

从海关的本质职能来看，在不同的历史时期海关行为所呈现的状态和在维护国家利益中所承担的功能是不一样的，应该根据其不同历史时期所呈现的状态和所承担的国家功能来划分海关发展的时段和对海关历史进行研究的时段。就我们粗浅的了解以及理论的分析，中国历史上的海关发展似乎应该分为军事功能阶段和经济功能阶段，而经济功能阶段，可能也还可以分为直接增加国家收入、维护国家经济发展、维护国内经济秩序、维护国家间公平贸易秩序等几个阶段（在此，笔者并不是要分出这些阶段的先后顺序，只是指出，在不同的阶段，海关所具有的经济功能的内涵、目的以及其行为方式等也是不同的，如在维护国家经济秩序阶段，可能主要不应该是增加国家税收的功能，而随着世界某些地区自由贸易秩序的建立，海关行为甚至可能并不能简单地从维护国家利益的立场出发）。至于未来的发展，很可能其社会功能、文化功能会逐步凸显。但是，海关无论以怎样的形式出现，其本质规定性并没有发生根本的变化。只要国家存在，国家间关系存在，国家间交往行为存在，那么，不管这种交往发生怎样的变化，也必然存在从国家的立场对这种交往的管理。