自由贸易协定与国际投资条约各自在不同的领域内发挥作用，一个调整贸易关系，一个调整投资关系，二者有着不同的特征和属性。仲裁机构如果在有投资条约的情形下，仍然援引贸易协定的有关规定来解决纠纷，会被认定为法律适用不当，依据条约法一般理论，二者不会发生冲突问题。但是，贸易和投资又有着千丝万缕的联系，只有在贸易发展到一定程度时才产生投资现象。在投资相关法律产生以前，自贸区都是以自由贸易协定来调整投资关系的。比如在《中国—东盟自贸区投资协议》生效以前，是以《中国—东盟自由贸易区经济框架协议》来调整成员方之间的投资关系。单独的投资法诞生以前，调整投资关系的规定都只是贸易协定的一部分，比如NAFTA中的第11章，该章中的非排除措施条款和MAI中的非排除措施条款有着很深的渊源关系。还有WTO规则中《与贸易有关的投资措施协定》（TRIMs）、《东盟—澳大利亚—新西兰自由贸易协定》第11章等。

投资条约中的非排除措施条款和贸易协定中的一般例外条款大部分都源自《友好通商航海条约》（FCN），比如非排除措施条款传统意义上的公共利益、公共健康等事项，并且有些非排除措施条款与一些贸易协定中的某些例外条款极其相似，比如非排除措施条款中的国家根本利益例外条款与贸易协定中的“安全例外”条款。有些非排除措施条款直接规定某些贸易协定中的例外条款也适用于其所在的投资条约，即将贸易协定中的例外条款稍做调整后作为投资条约中的非排除措施条款。^[55]有些非排除措施条款也很关注其与其他协定中的例外条款的协调问题，明确规定“符合××协定（条约）第×条的措施不得视为对本条约的违反”，如《东盟—澳大利亚—新西兰自由贸易协定》第1章第2条、第11章第8条第4款等^[56]。(www.daowen.com)

在投资条约中没有非排除措施条款时，投资东道国往往援引贸易协定中的某些例外条款进行抗辩，仲裁庭也发挥自由裁量权，运用贸易协定中的例外条款分析投资东道国行为的性质，这样随意性很大，容易引发质疑。如果争端所依据的投资条约中有明确的非排除措施条款规定，投资东道国或仲裁庭弃之不用，转而援引贸易协定中的例外条款，或者仲裁庭援引贸易协定中的例外条款解释非排除措施条款，实质上导致非排除措施条款被部分替代，则属于适用法律不当，可能导致裁定被撤销，如特别委员会撤销Sempra案。^[57]