土壤、水环境保护是生态文明建设的主要内容，在国家环境保护总局（2003）出台《生态县、生态市、生态省建设指标（修订稿）》（环发〔2007〕195号）的生态文明建设评价指标体系中，运用参考性指标地下水超采率、退化土地恢复率，约束性指标水环境质量综合考查土壤、水环境保护；北京林业大学有关省域生态文明建设评价指标体系中，运用农村人口获得改善水源比例、淡水抽取量占内部资源比重等评价省域土壤与水环境状况；国务院发展研究中心生态文明建设科学评价与政府考核体系中，通过地表水体质量、水土流失率考核区域水、土质量；国家发展和改革委员会、财政部、国土资源部、水利部、农业部、国家林业局六部委（2013）制定了《国家生态文明先行示范区建设方案（试行）》（发改环资〔2013〕2420号），在生态文明建设评价中，运用用水总量、水资源开发利用率、万元工业增加值用水量、农业灌溉水有效利用系数、非常规水资源利用率、水土流失面积、新增沙化土地治理面积，综合考核水、土综合利用状况；中共贵阳市市委发布的《贵阳市建设生态文明城市指标体系及监测办法》，运用主要饮用水源水质达标率这一指标变量考核水质量；中央编译局与中共厦门市市委发布的国内首个“生态文明建设（城镇）指标体系”，运用城市污水综合利用率、生态用地比例，考核城市生态文明建设中的水、土质量问题；中央部委及各地方包括国内学者都将水体、土壤的综合情况纳入生态文明评价指标体系考核指标中。这充分说明水体与土壤保护对于生态文明建设的重要性；地质矿产工作在水体与土壤的保护中起到了较为重要基础的作用，通过对地下水、地表水的调查与评价，通过对土壤质量、土壤受污染物点、面分布的调查与评价，建立水体、土壤污染防治监测体系，对促进生态文明建设起到了不可磨灭的作用，主要内容如下。

（1）土壤污染的治理与调查。目前，我国的大面积生态地球化学调查主要是针对我国土壤污染状况的调查。多目标的生态地球化学调查能全面、系统、准确地掌握全国基本农田保护区和粮食主产区土壤环境质量的总体状况，查明重点地区土壤污染类型、程度和原因，评估土壤污染风险，确定土壤环境安全等级，筛选并试点示范污染土壤修复技术，构建适合我国国情的土壤污染防治法律法规及标准体系，提升土壤环境监管能力。

（2）水环境保护与治理。国家对地下水资源进行科学管理的基础是通过地下水的监测、数据采集、储存、处理、分析。在这一方面，我国相关的科技水平已不落后，目前重点在于完善遍及全国的地下水监测网。(www.daowen.com)

（3）垃圾场的选址与地下水的污染防治。地质矿产工作在垃圾处理及垃圾场选址方面也开展了研究，主要目的是防止垃圾对地下水及地表水的污染，秉承的原则是依据现阶段的社会经济技术发展水平，尽可能地将垃圾转化为资源纳入经济与生态循环之中。