科技进步与创新在一国经济社会发展中的支撑和引领作用日益凸显，也是中国与东盟合作的重要内容之一。中国与东盟国家在科技方面各有所长，通过科技方面的合作和相互转移，将为双方在传统的贸易与投资之外，开辟更为广阔的经贸合作空间，从而推动自贸区的转型与升级，实现参与各方的双赢。自1994年中国—东盟科技合作联委会成立以来，中国与东盟10国确立了双边科技合作关系。20多年来，双方确定了为数众多的双边或多边政府间合作项目，以支持中国与东盟国家科研人员开展人员交流、联合研发等合作。双方科技交流与合作更趋频繁、互补性更强，科技合作成为连接中国和东盟各国的重要纽带。

通过中国—东盟合作基金，在过去的10多年里，东盟10国与中国开展了30多个以人文交流为主的科技项目合作，平均每年有3个科技合作项目启动。同时，中国已经和东盟10国中的8个国家签订政府间科技合作协定，并与印度尼西亚、马来西亚、菲律宾、新加坡、泰国、越南等6国建立双边科技合作联委会机制。在双边联委会机制下，中国科技部与各国科技主管部门一起，实施了逾千个长期合作研究项目和短期交流考察项目，涉及农业、海洋、能源、减灾防灾、医疗卫生、环境等诸多领域。中国—东盟科技合作不仅是促进中国—东盟经贸合作的“催化剂”，更是推动中国—东盟自由贸易区产业结构调整和经济可持续发展的“加速器”，科技合作推动中国—东盟合作发展迈向新高度。(www.daowen.com)