稽查的实质，是对企业进出口经营状况的一种整体管理，是以企业为监控单元的。因此，账册——反映企事业单位进出口的整体状况的会计记录，便成为海关稽查的基本目标和主要对象。企事业单位的会计记录、原始凭证和有关资料是海关稽查的基本目标。《规定》第五条规定：“企事业单位应当设置符合国家有关法律、法规的会计账册。”1993年7月，国家正式实施了《企业财务通则》和《企业会计准则》两个法规，这对规范财务制度和完善企业内部管理机制起到了推动作用。同时，也为海关开展稽查工作创造了有利的外部条件。

海关稽查工作是由传统的对实物的直接管理转变为一种以数理逻辑为基本目标的间接管理，是从会计分离出来的一种完全独立的司法形式的经济监督和专门的对进出境经营的监督体系，因此，第五条还规定了：“必要时，应增设符合海关要求的辅助科目。凭合法有效的凭证记账及核算记录有关进出口的库、销售、加工、使用、损耗等情况”。并“按照海关规定向主管地海关及时报送有关资料备核（包括计算机记账软件、程序和使用说明等）”，并按第六条规定的期限，保存有关账册和原始凭证以备海关稽查。这是根据海关稽查的实际需要而设立的对于明确稽核内容，提高工作效率，方便企业配合海关工作以及促进企业加强对进出口货物的经营管理都有积极的作用。(www.daowen.com)

海关稽查有两个重要的特点：一是技术上的严谨性。稽查工作的内容主要是核查企业的账册。账册科目的相互联系、账册科目与记账凭证的关系、账册科目与生产、库存的对应以及账册与报关单据的互相印证等，构成一套互相联系、互相对应的严密逻辑关系，海关稽查在技术上必须与之相适应，而不能违背其规律。二是行动上的主动性。与其他海关业务不同，稽查工作是一种主动行为，没有“等待顾客送货上门”的情况，需要稽查人员根据形势，自行分析资料，进行确定工作计划和工作目标，才能获得预期效果。这就要求海关稽查人员不仅要懂海关业务，而且要有较高的敏感性和责任心。